根和根莖
根大多來源於草本雙子葉或單子葉植物，少數為蕨類植物。根沒有節、節間或葉，壹般也沒有芽。雙子葉植物的根壹般有明顯的主根，常有分枝，通常呈圓柱形或長圓錐形，少數根呈細長狀，簇生在根莖上，如威靈仙、龍膽等。單子葉植物的根多為塊根，呈圓錐形或紡錘形等。根的表面常有紋理，有的可見皮孔。根類藥材附著的根莖在外形上與根明顯不同，較易區分，如人參、桔梗上部的 "蘆頭 "和龍膽、四葉草的根莖部分等。有時根莖類中藥的上端為根莖，向下逐漸過渡到根部，兩者在外觀上沒有明顯的分界線，如當歸、防風、常山等。
根狀莖類草本植物的外觀常因種類而異，但莖的外表面與地上莖節和節間相同，單子葉植物尤為明顯，節上常有退化的鱗片狀或膜質小葉、葉柄基部殘留物或葉痕，有時可見幼芽或芽痕，莖基部上方或頂部常有殘留物或莖痕，細長不定根的側面和底面有殘留物或根痕。
蕨類植物的根莖常有鱗片或密布棕黃色鱗毛，如狗脊。
莖和木質草本植物
木質藤本植物的藤莖和木本植物的莖和枝多為圓柱形或扁圓柱形，有的扭曲不直，粗細大小不壹。表面多為黃褐色，少數有特殊顏色，如槲寄生為黃綠色，雞血藤為紅紫色。表面粗糙，有深淺不壹的裂紋和皮孔，還有葉痕和枝痕。質地堅硬，斷面呈纖維狀或龜裂片狀。平斷面木質部占絕大部分，有放射狀花紋和年輪，有的導管小孔清晰可見，如青風藤等，有的可見特殊紋理，如雞血藤、大血藤等。
木類的心材形成較早，位於木質部內側，積累了較多的次生代謝物質，如樹脂、樹膠、油脂等成分，故藥用多為心材部分，如沈香、降香、蘇木等。木質藥材多為不規則的塊狀、厚片狀或長條狀。表面顏色有特異性，如黃白色的沈香、紫紅色的沈香、棕紅色的蘇木，有些木質藥材表面有棕色樹脂條紋或斑塊，如沈香。質地和氣味可以幫助鑒別，如大部分中藥材木質類型重，如沈香質重，有香氣；白木香質輕，香氣較淡。
皮類藥材
皮類藥材通常指裸子植物或被子植物（其中以雙子葉植物為主）的莖外形成的部分藥材，少數為根皮。皮類藥材具有特殊的形態，在鑒別時要特別註意觀察皮的形態和斷裂面的特征，根據這些特征可以判斷皮組織的成分和排列方式。如用提取法（從木質部提取）制成的皮類中藥牡丹皮呈管狀，楝樹皮斷裂時劈裂面形成清晰的片狀。
葉類藥材
葉類藥材的鑒別，常需在水中濕潤展開後才能鑒別。要註意葉片的形態、大小、色澤、表面觀感、葉脈、葉尖、葉緣、葉基部、質地、有無葉柄、長短、有無嫩莖和分枝，以及氣、味等。其中，葉類藥材的顏色是指大量藥材呈現的顏色，多為深綠色或灰綠色，有時也有黃綠色或綠褐色，也有特殊的，如紫蘇葉，其下表面為紫色。葉片的表面觀，壹般是指角質層的有無、厚薄；上下表面有無茸毛及分布情況；透過陽光觀察，是否能看到透明的腺點（油室）和紅褐色的軟木塞斑（如案樹葉）；在放大鏡下觀察，是否有凹陷的點狀腺鱗（如紫蘇葉）。
此外，還應註意葉鞘和托葉的有無、葉柄的有無和形狀（直的、有凹槽的、扭曲的等），以及葉柄有無帶翼（如紫蘇葉）。測定葉片的 "氣孔指數 "通常可用於區分不同種類的植物和草本植物。測定 "格面比 "也可以區分同屬不同種的中藥。由於同種植物葉片上的 "脈島數 "是固定不變的，不受植株年齡和葉片大小的變化影響，所以有時測定 "脈島數 "也是鑒別特征之壹。
花類藥材
花類藥材的鑒別，完整花應註意觀察花托、萼片、花辦、雄蕊（蓮座）和雌蕊的數目及其位置、形狀、顏色、有無茸毛、氣味等。除觀察單朵花外，還應註意花序類型（夏利花為穗狀花序）、總苞片或苞片等。對於花的某壹部分，重要的是要區分它是花的哪壹部分（藏紅花是柱頭，香蒲是花粉粒），然後再仔細觀察。要特別註意 "花粉粒 "的形狀和大小、外觀質地、發芽孔的類型和數量等，這些往往因植物種類而異。對於花期較長、花朵相繼開放的植物，應分批采摘以確保質量，並註意鑒別。開花的藥材由於采收、晾曬和運輸等原因，常有皺折、破損和變形，若用肉眼不易識別，需將晾幹的藥材先放入水中浸泡後，用放大鏡或解剖鏡進行鑒別。
果實和種子藥材
首先要判斷是果實還是果實的壹部分，註意區分果實的種類和壹般特征，如成熟或未成熟、真果或假果、單果、聚合果或多花果、漿果、柑橘類果實或瘦果等。無論是果實還是種子，主要註意觀察其形狀、大小、顏色、表面特征、氣味等，其中應特別註意表面特征，如表面顏色、皺紋、有無附屬物等，種子表面還應註意臍、種脊、節、種阜、假種皮（龍眼肉）等特征。果實外部通常有壹些附屬物，如宿存的花被（雙子葉植物）、花柱、花序或果柄。此外，"鑲嵌細胞 "也是傘形科果實的 **** 相似特征。