海關扣押貨物的處理方式有五種：1、公開拍賣。對於國家法律法規沒有特別規定的罰沒物資，海關實行公開拍賣，這是海關處理罰沒物資的主要方式。2、直接轉賣。主要針對國家規定的壟斷商品，如走私成品油、走私香煙、走私光盤生產線等。3.移交主管部門處理。主要為繳獲的文物、藥品等統壹移交行政主管部門處理。4、移交中國紅十字會。主要是對查獲的侵犯知識產權、商標的商品、物品予以拆除，移交中國紅十字會用於社會公益事業。
對走私犯罪嫌疑人，拘留時間不得超過24小時，特殊情況可延長至48小時。規定的範圍在沿海地區海關附近，由海關總署會同國務院公安部門會同有關省級人民政府確定。
查辦走私案件時，經直屬海關關長或者其授權的海關關長批準，可以查詢涉嫌單位和人員在金融機構、郵政企業的存款、匯款情況。(六）進出境運輸工具或者個人無視海關監管逃匿的，海關可以繼續追緝，並將其帶回海關監管區域和海關近海、關外區域處置。為履行職責，海關可配備武器。海關工作人員佩帶和使用武器的規定，由海關總署會同國務院公安部門制定，報國務院批準。法律、行政法規規定了海關行使的其他權力。