1、定義不同：生產、銷售假藥罪，是指生產者、銷售者違反國家藥品管理法規，生產、銷售假藥，足以危害人體健康的行為。銷售劣藥罪，是指違反國家藥品管理法規，明知是劣藥而進行銷售，對人體健康造成嚴重危害的行為；
2、犯罪對象不同。生產、銷售劣藥罪的對象只能是劣藥，而生產、銷售假藥罪的對象只能是假藥。假藥和劣藥的範圍由法律明確規定；
3、構成犯罪的標準不同。生產、銷售劣藥行為只有對人體健康造成嚴重危害的，才構成犯罪，在犯罪形態上屬結果犯。生產、銷售假藥行為只要足以對人體健康造成嚴重危害的，就構成犯罪，在犯罪形態上屬危險犯；
4、社會危害性不同。劣藥的實質是藥品質量和使用效能達不到標準規定和預期治療效果，而假藥多數情況下是以非藥品冒充藥品或者以他種藥品冒充此種藥品，“假藥”往往比“劣藥”對人體造成的危害大，影響更加惡劣。
另外，行為人既生產、銷售假藥，又生產、銷售劣藥，均構成犯罪的，應分別定罪，實行數罪並罰。
《中華人民***和國刑法》第壹百四十條 生產者、銷售者在產品中摻雜、摻假，以假充真，以次充好或者以不合格產品冒充合格產品，銷售金額五萬元以上不滿二十萬元的，處二年以下有期徒刑或者拘役，並處或者單處銷售金額百分之五十以上二倍以下罰金；銷售金額二十萬元以上不滿五十萬元的，處二年以上七年以下有期徒刑，並處銷售金額百分之五十以上二倍以下罰金；銷售金額五十萬元以上不滿二百萬元的，處七年以上有期徒刑，並處銷售金額百分之五十以上二倍以下罰金；銷售金額二百萬元以上的，處十五年有期徒刑或者無期徒刑，並處銷售金額百分之五十以上二倍以下罰金或者沒收財產。
第壹百四十壹條 生產、銷售假藥的，處三年以下有期徒刑或者拘役，並處罰金；對人體健康造成嚴重危害或者有其他嚴重情節的，處三年以上十年以下有期徒刑，並處罰金；致人死亡或者有其他特別嚴重情節的，處十年以上有期徒刑、無期徒刑或者死刑，並處罰金或者沒收財產。
藥品使用單位的人員明知是假藥而提供給他人使用的，依照前款的規定處罰。