1、提取原理
利用小檗堿在水或乙醇中溶解，而在醚、氯仿、苯等有機溶劑中難於溶解的性質，采用熱水或熱乙醇浸泡或回流提取中藥材中的小檗堿，然後過濾濃縮得到提取物。
2、分離原理
利用小檗堿與酸形成的鹽在水中的溶解度不壹樣，如硫酸小檗堿（1:30）、硫酸酸性小檗堿（1:100）、檸檬酸小檗堿（1:125）和鹽酸小檗堿（1:500）的性質。
提取液中加入稀硫酸或檸檬酸，使遊離小檗堿轉化為水溶性硫酸鹽或檸檬酸鹽，再加入食鹽或氯化鈉，使其他生物堿轉化為不溶性氯化物，而小檗堿轉化為不溶性鹽酸鹽而沈澱。
3、精制原理
利用鹽酸小檗堿在沸水中易溶於冷水，不溶於沈澱的性質，將鹽酸小檗堿粗品加入沸水中溶解，並加入石灰水調節pH值為8~9、使其他雜質沈澱，然後過濾得到液體，再加入濃鹽酸調節 pH 值為 2，放置冷卻後，即可再次析出較純的鹽酸小檗堿。結晶。
鹽酸小檗堿的檢測方法
1、化學檢測
利用小檗堿與濃硝酸或漂白粉反應生成紅色物質的性質，將鹽酸小檗堿加入稀硫酸中溶解，分別滴加濃硝酸或漂白粉，即可觀察到櫻桃紅色現象。
2、丙酮試驗
利用小檗堿在丙酮中不溶的性質，將鹽酸小檗堿加入水中加熱溶解，再加入氫氧化鈉試劑使其呈橙色，然後冷卻過濾得到濾液，再加入丙酮振蕩，可以觀察到渾濁和黃色沈澱的現象。
3、沒食子酸試驗
利用小檗堿與沒食子酸反應生成綠色物質的性質，鹽酸小檗堿加入硫酸溶解，再加入沒食子酸的乙醇溶液，置於水浴中加熱，可觀察到翠綠色的現象。
4、薄層色譜鑒別
利用小檗堿在不同展開劑中的遷移性不同，以鹽酸小檗堿的乙醇溶液為試樣，與對照品進行薄層色譜分析，選擇適當的展開劑和顯色劑，可觀察到黃色或熒光斑點。