此外，還可能面臨某些生物學意義上的危害，比如從動物臟器中提取生化藥可能會接觸到病菌;酶粉塵沾到皮膚上，會造成皮膚損害;接觸胰島素可引起血糖降低等等。
藥品生產過程中，作業人員接觸有毒化學物質的機會主要是設備和管道密閉不嚴、銹蝕滲漏，上道工序來料、檢驗分析取樣以及出料、廢棄物料排出、清理離心 甩幹機以及設備檢修時設備及管道中殘存的有毒化學物質，尤其是在離心過濾敞口甩幹高溫物料或邊甩幹邊人工投加液態化學品以及敞口接收時，均有大量的有害氣 體或蒸氣逸出，同時會有液態化學品飛濺的可能。操作工人接觸液態、蒸氣態有毒物質的時間相對較長，如果通風排風系統不好，就可能造成工作場所空氣中有害物 質濃度增高甚至超過國家衛生標準，工人長期接觸會受到職業病危害因素的影響，也加大了職業病危害事故的風險。
某些制藥設備運行時會產生巨大的機器噪聲，比如壹些電動機、水泵、離心機、粉碎機、制冷機、通風機、鍋爐等，有的噪聲甚至超過100dB;噪聲危害嚴 重的區域通常是藥片切割室、包裝室等。作業人員長期接觸這些超標噪聲，如不對聽力系統進行防護，危害會是多方面的，除了聽覺系統受損外，還可能導致高血 壓、頭痛、失眠、記憶力下降，神經衰弱等癥狀。
制藥工業也會接觸很多眼部危害，最常見的眼部危害有：粉塵、化學液體、微生物、高溫、沖擊物等，制藥車間眼部危害最容易發生在：反應釜附近和溶劑儲藏區。
在制藥車間中，操作人員通常都需要穿著連體式防護服，這壹方面是由於制藥車間對潔凈度有壹定要求，防止人員汙染藥品;另壹方面也要對操作人員皮膚進行防護，防止藥物活性粉塵粘附在皮膚上，防止液態化學品物料飛濺到皮膚上，通過皮膚或皮膚上的創口被吸收，對人員產生危害。最常見的液體化學品飛濺發生在設備清洗、維護、檢修時，或物料離心甩幹時，或投加液態化學品物料時。