1，DNA準備。
⑴適用於分離大片段DNA。
瓊脂糖凝膠可以區分相差約100bp的DNA片段。雖然其分辨率低於聚丙烯酰胺凝膠，但易於制備，分離範圍廣，特別適合分離DNA的大片段。普通瓊脂糖凝膠分離DNA的範圍為0.2-20kb，脈沖電泳可分離高達10 7bp的DNA片段。
在從青貯飼料中提取總DNA的實驗中，采用瓊脂糖凝膠電泳和紫外吸收法。提取的DNA純度高，可直接用於下遊分子操作。該提取方法靈敏度高，能全面反映樣品中微生物的本來面貌[1]。
在“CTAB結合DNA凝膠回收試劑盒提取食用菌DNA”的實驗中，研究人員采用了兩種方法提取DNA:壹是CTAB法(對照法)。二、CTAB與DNA凝膠回收試劑盒(瓊脂糖凝膠DNA試劑盒)的結合法(結合法)。實驗結果表明，與對照方法相比，聯合方法提取的DNA樣品電泳條帶更規則清晰，DNA消化效率明顯高於對照方法。這表明組合方法可以有效地從富含多糖的材料中分離純DNA[2]。
⑵可以提取大分子DNA。
在“洋蔥伯克霍爾德氏菌HMW DNA的制備及酶切研究”實驗中提到，構建大片段基因組文庫的關鍵是獲得高分子量的基因組DNA[3]。然而，使用成熟的商業試劑盒提取基因組DNA只能獲得大小約為20kb的DNA。酶法提取需要多次提取才能獲得純DNA，但容易造成基因組斷裂，難以獲得大於300kb的基因組DNA。兩種方法都不能達到目的，但經過研究人員不懈的研究，利用瓊脂糖凝膠提取基因組DNA，可以獲得足夠大的DNA片段，完全可以滿足構建粘粒基因組文庫的要求。在這個過程中，研究人員在用低熔點瓊脂糖或普通熔點瓊脂糖制備凝膠塊的問題中選擇了後者，因為低熔點瓊脂糖價格昂貴且凝膠塊在制備和純化過程中容易斷裂，普通熔點瓊脂糖和低熔點瓊脂糖在基因組DNA制備中沒有區別。
1.瓊脂糖凝膠電泳檢測PCR產物。
在基因組DNA的提取中，將DNA溫育、提取和沈澱，用70%乙醇洗滌兩次，然後用適量的雙蒸水溶解。然後在1.0%瓊脂糖凝膠上進行電泳，以1kb DNA梯為參照估算DNA溶液的濃度。具體測試方法如下:用2.0%瓊脂糖做凝膠，6微升AFLP—PCR產物與1微升上樣緩沖液混合後上樣，電泳緩沖液為1×TBE，電泳緩沖液為120V，50分鐘。用EB溶液染色後，在凝膠成像系統(ChampGel-3200)上觀察樣品並拍照[4]。
2.瓊脂糖在其他領域的應用。
⑴瓊脂糖在免疫擴散法中的應用。
免疫擴散法是利用瓊脂糖凝膠作為擴散介質，使抗原和抗體在瓊脂糖凝膠中自由擴散並相遇，從而形成抗原抗體復合物。因為這種復合物的分子量增加，聚集，不會繼續擴散，形成肉眼可見的帶狀或線狀沈澱帶。抗原抗體復合物的沈澱帶是壹種特異性的半透性屏障，可以阻止免疫學性質相近的抗原抗體分子通過，但允許那些性質不同的分子繼續擴散，使不同抗原或抗體形成的沈澱帶有自己的位置，從而使混合體系得以分離和鑒定。
瓊脂糖凝膠用作擴散介質是因為壹定濃度的瓊脂糖凝膠內部具有多孔網絡。而且孔徑很大，可以讓大分子物質(分子量從幾十萬到幾百萬)自由通過。因為大多數抗原和抗體的分子量都在20萬以上，幾乎可以在瓊脂糖凝膠中自由擴散。而且瓊脂糖凝膠具有化學穩定性好、含水量高、透明度好、來源方便、易於處理等優點，是免疫沈澱檢測技術中最理想的擴散介質。
在雙向瓊脂擴散實驗中，出於與上述相同的原因，瓊脂或瓊脂糖也被用作擴散培養基。
⑵瓊脂糖在雙鏈DNA探針合成中的作用。
雙鏈DNA探針的合成方法主要有切口翻譯法和隨機引物合成法。
缺口翻譯法
影響缺口翻譯反應的因素有幾個:(a)產物的比活取決於[α-32 P]dNTP的比活和模板中核苷酸的取代程度。(DNA酶ⅰ的用量和大腸桿菌DNA聚合酶的質量會影響產物片段的大小。(c)DNA模板中的瓊脂糖等抑制劑會抑制酶的活性，因此應使用精心純化的DNA。
隨機引物合成法
隨機引物合成法也可以直接在低熔點瓊脂糖中進行。
以上是瓊脂糖凝膠在生物學各個領域的壹些應用。但是，由於生物學研究的迅速發展，瓊脂糖凝膠的應用可能會更廣泛，它將在生物學研究中發揮應有的作用。
發展實例:瓊脂和瓊脂糖由於其特殊的凝膠特性，特別是顯著的穩定性、滯後性和滯後性，具有特殊的穩定作用，並且容易吸水；已廣泛應用於食品、醫藥、化工、紡織、國防等領域。據不完全統計，瓊脂和瓊脂糖的用途有1000多種，在國際上被稱為“東亞新產品”。在食品工業中，可用於生產:水晶軟糖、異形軟糖、水產品、肉罐頭、果汁飲料、果肉飲料、米酒飲料、乳飲料、精品、乳蛋糕。