作為該項目的參與者，中國壹直積極推動該項目的前期研究工作，包括2007年初啟動的由中國科學院上海生命科學研究所和上海交通大學牽頭的中法人類腸道宏基因組研究合作項目。參與這項研究工作的主要單位有上海生命科學研究院、上海交通大學、中國科學院北京基因組研究所、中國科學院微生物研究所和浙江大學。人類微生物組的研究在中國還處於起步階段。
2008年4月11日，歐盟宣布啟動人類宏基因組第七個框架計劃。深圳華大基因研究院作為唯壹壹個非歐盟國家的科研單位，參與了腸道宏基因組第七個框架項目，承擔了重要的測序任務。
日本也啟動了人類宏基因組研究計劃。2009年，英國、美國、法國和中國的科學家在德國海德堡成立了國際人類微生物學研究聯盟(IHMC)，旨在全面協調國際人類微生物學研究。2010年5月26日《科學》雜誌報道，為了進壹步了解人類與生活在人體上或體內的各種細菌之間的關系，美國國家衛生研究院正在對所有這些微生物的基因組進行測序。他們開發了壹種標準方法，用於對自然環境中的微生物進行大規模基因組測序。他們的目標之壹是為至少900種以人體為家的細菌制作參考基因組序列。現在，由Karen Nelson領導的人類微生物組Jump Start參考菌株聯合體發表了他們對與人類宿主相關的178個細菌基因組序列的初步分析。到目前為止，這些結果為未來的分析提供了重要的基線，盡管這些研究人員表示，他們只是剛剛接觸了人類“微生物組”的表面。
這些研究人員將與他人分享他們的數據，以便其他遺傳學家在試圖直接從自然環境中采樣大量微生物基因組時可以參考這些數據。這種對人體內微生物的更好了解，將為未來了解人類的壹些疾病提供線索。在日益激烈的人類微生物組研究領域，我國科學家起步相對較早，並取得了壹些重要進展。
例如，中英科學家聯合攻關近三年，通過測量宿主代謝組學特征的變化，實現了對重要腸道功能菌的評估和鑒定。這是壹種在人體水平上定量測量和監測人體健康的新的系統生物學方法，對研究腸道菌群與人體健康的關系具有普遍意義。《美國國家科學院院刊》發表後，該研究成果引起了國際學術界的關註。在2007年4月的《自然評論-微生物學》中，這項工作以“研究集錦”的形式被特別評論。
近年來，中國科學家積極參與了國際人類微生物組的各種合作項目。2006年法國前總統希拉克訪華期間，科技部與法國國家研究機構簽署了中法腸道宏基因組研究聯合聲明。之後，上海交通大學系統生物醫藥研究院、中科院營養所、國家人類基因組南方中心、中科院北京基因組所等單位，在科技部、國家自然科學基金和上海市的支持下，與法國農業科學院共同啟動了“中法腸道宏基因組合作項目”。目前，已經收集和檢查了500對肥胖和健康對照組，正在進行代謝組學和宏基因組學分析，這也是世界上最大的人類微生物組種群實驗。通過本研究，有望找到壹些與我國代謝綜合征不同發展階段相關的生物標誌物，對通過早期診斷和積極的營養幹預，遏制我國肥胖、糖尿病等代謝性疾病的快速上升具有重要意義。
值得壹提的是，中國對人類宏基因組的研究有壹個其他國家沒有的獨特優勢，那就是歷史悠久的中醫藥。改變壹個人的基因很難，但改變生活在人體內的微生物組成相對容易，所以腸道菌群是理想的藥物靶點。我國傳統醫學中有很多藥物和治療方法，很可能是通過改變腸道菌群的結構和代謝來發揮作用的。中醫藥無疑將在人類微生物組研究中發揮重要作用。
預防是解決國民健康問題的基本國策。中醫治未病的核心是通過觀察分析人體的各種證候，對人的體質進行分類，然後根據不同的體質類型采取各種保健措施，實現疾病的早期預防。
中醫認為，體質是先天遺傳和後天稟賦相互作用形成的。目前看來，人類基因組是主要的遺傳方式，而微生物組作為人體的第二基因組，出生後進入人體，對人體代謝產生重要影響，是獲得性稟賦的重要載體。通過對不同體質人群的微生物學和代謝組學的測定，有可能對中醫體質分類做出新的詮釋和發展。在發病初期，通過發現微生物菌群的變化來預測和預警疾病，並通過糾正微生物菌群的失衡來進行幹預，是低成本和有效的，這就是中醫治未病思想的價值所在。