但同時，醫藥產業發展也面臨著壹些深層次的問題和困難例如：從外部看，金融危機短期內會對我國醫藥出口產生不利影響；從內部看，研發投入不足，創新能力不強，質量標準體系不健全，藥品安全存在隱患，低水平重復建設未得到有效抑制，無序競爭加劇，環保問題突出，治理措施不力等等
不過，行業創新意識在近幾年有所增強宋瑞霖列舉了以下數字：從我國2007年10月1日至今的藥品註冊受理件數來看，仿制藥申報數量占比降低為52.3%，而創新藥物的申報數量為2.6%他認為，創新是包括觀念、制度、市場和技術在內的系統創新，其中，觀念與制度的創新是基礎，市場和技術的創新是結果
回顧改革開放30年以來，我國醫藥產業發展亟需解決的兩大問題是提高產業集中度和提高藥品質量標準
就行業集中度問題，壹個國家的競爭力取決於具有國際競爭力的企業數量和市場覆蓋度，因此必須提高企業集中度，沒有集中度就沒有行業競爭力和國家競爭力2008年，我國醫藥產業的集中度為40%，比2006年提高10個百分點，但是與發達國家相比仍有很大距離
關於藥品質量標準問題，我國的藥品標準總體水平不高，2005版藥典收載的藥品標準占整個藥品標準的20%，而美國的這壹比例為80%
"突破制藥行業發展的關鍵點，是通過提高藥品質量管理體系和藥品質量標準來提高國家制藥工業的整體水平要制定藥品標準提高的過渡性政策對主動提高藥品執行標準並可驗證的，承認其提高質量的成本，承認該標準為法定標準之上的質量標準，並應該規定在壹定過渡期內將該標準提升為國家標準"宋瑞霖認為，支撐中國醫藥發展的不是單壹的政策，而是壹個完善的政策體系，否則，不同的單獨的合理政策有可能因為對沖而使政策綜合效益下降甚至走向反面
新醫改帶來的機遇大於挑戰
新環境下藥品零售市場發展趨勢進行了分析 從藥品零售市場發展概況、新醫改政策對零售行業影響、2009年藥品零售市場預測三個方面進行了闡述
零售藥店數量增加分布不均
數據標明，我國零售企業數量持續增加
截至2008年底，我國的藥店總數為365578家，比2007年同期增加了5.99%2009年上半年，我國有37.86萬家藥店，數量又增加了3.56%連鎖企業穩步擴張，2009年上半年門店數量比2008年又增加了2.41%，達到13.25萬家2008年連鎖門店占藥店總數的35.4%，美國這壹比例約為60%，我國的連鎖經營仍有較大的發展空間
從零售企業的地區分布來看，藥品連鎖企業數量最多的前10個省份，擁有的連鎖企業數量占全國的56.26%，擁有門店數占全國連鎖門店總數的37.34%我國的藥店密度較高，但是區域分布不均勻在監測的27個城市中，成都的藥店密度最高，為2814人/店；南寧密度最低，為8528人/店
從我國的藥店銷售規模來看，2008年我國藥品零售市場規模為1295億元，同比增加17.7%，2009年上半年藥品零售市場約為741億元，同比增加15.24%在藥品零售市場上，連鎖百強的集中度為44%，連鎖10強的集中度為15.47%，而美國前10強的集中度已經達到50%
"總體來看，我國零售百強集中度穩中有升，但是利潤水平偏低 2008年連鎖前10強平均利潤增長2.58%，百強平均利潤增加16.3%，國內連鎖藥店的平均毛利率為20.4%，而國際上，零售連鎖藥店的平均毛利為24%～37%事實上，百強連鎖藥店中，15%的藥店的利潤率水平低於1%，21.25%的利潤率水平在1％～2%之間，而利潤率超過10%的僅占3.75%
通過零售市場各大類別商品份額比較可以發現，品類結構正在發生變化中成藥、保健品銷售比重下滑，化學藥銷售比重回升，而其他類中的醫療器械類比重上升，說明藥店多元化趨勢明顯在化學藥中，消化系統、心腦血管系統、呼吸系統用藥比例上升，抗感染藥則比較平穩
總結我國零售市場發展趨勢，零售藥店數量持續增加，店均服務人數下滑，呈現過度競爭態勢；藥品零售市場穩步增長，但是增速減緩；單店平均銷售增幅下滑，農村藥品零售市場增速放緩；連鎖經營在零售市場中占據主導地位，但近兩年擴張緩慢，藥品零售市場集中度有所提升，但是仍然分散，藥店盈利水平整體偏低
基本藥物不占主導地位
根據南方醫藥經濟研究所對22大城市樣本醫院的監測數據，基本藥物品種的銷售額所占的份額呈現逐年下降的趨勢，2008年為14.58%，但今年上半年僅為12.9%目前，部分在醫院市場銷售靠前的基本藥物品種的生產廠家雖然眾多，但是市場已經較為集中
在零售市場中，抗生素中基本藥物所占比重中最大，達47.5%，其他類別占比均不高從各大零售藥品品類基本藥物所占比例來看，非目錄產品在零售市場的空間較大，尤其是感冒用藥、皮膚用藥和咳嗽類等零售大類別
總結基本藥物零售市場競爭格局基本藥物品種在零售市場並不占主導地位，在主要零售類別銷售額TOP20的品牌中，抗感染、心血管的基本藥物大品牌所占的份額較多，品牌藥在零售藥店中本來就屬於低毛利產品，壹旦實施社區零差率，再加之基本藥物價格下調，這些品種在藥店的銷售將受到影響
醫保體制改革對藥品零售業的影響 醫保擴容將刺激終端藥品的消費需求，對零售市場是壹個機遇但是農村藥店經營將受到"新農合"全覆蓋的沖擊醫保支付方式的改革方向是按病種、按人頭支付，這對零售藥店的消費者將是壹種潛在利好在醫保覆蓋面提升的背景下，擁有定點資格將是吸引持有醫保卡的消費者在藥店購藥的主導因素，將引發更激烈的對醫保定點資格的爭奪
零售市場規模或達1505億元
根據"南方所－中國醫藥經濟運行分析系統"監測數據，運用指數平滑模型分析預測，2009年醫藥七大子行業工業總產值約10000億元，同比增長18%左右，2009年藥品零售市場規模將達到1490億～1505億元，同比增加15％～16%
新醫改帶來的擴容對零售市場是機遇大於挑戰基本藥物制度、社區零差率、"新農合"、藥價改革等，將給藥店競爭環境帶來新的變化由於相關配套政策仍在醞釀中，未來還存在壹定變數，不過，零售藥業的大變革是壹種必然，其主導動因不是外因，而是行業內部的過度競爭
網絡下沈，多開店、開小店將成為壹種趨勢
在新醫改的新形勢下，藥店行業若想獲得競爭優勢，今後必然要提升自身的專業水平
我國醫藥產業的發展規模和速度，我國藥品消費潛力巨大，在宏觀經濟的驚濤駭浪中，醫藥經濟始終在快速發展的軌道上醫藥產業規範化進程加速，市場擴容在望，資本力量湧動，產業變局激蕩醫藥工業增速加快，企業效益回暖，產業集中度明顯提升，商業規模化優勢凸顯，終端恢復較快增長但是受金融危機影響，醫藥進出口也遭遇挑戰同時，醫藥行業現階段也存在產業結構不合理、生產能力過剩、研發水平低下等客觀問題
陶劍虹認為，基本藥物制度實施以後，社區醫療機構藥品零差率的實施將對藥店也形成重大的壓力，接下來醫保目錄的調整已經啟動，對醫保定點資格的爭奪將是未來零售業的壹大焦點而且，今年6月份開始實施的《食品安全法》，對藥店傳統經營的低成本功能性食品做了明確規定，因此，零售藥店的經營品種將面臨壹番調整
如今，我國的藥品零售行業經過了充分的市場競爭的洗禮，已經在自我調節和凈化中逐步走向成熟主流連鎖藥店擅長運用資本的力量，實現規模的快速擴張，進而開始向深度藥學服務、夯實企業管理根基的方向發展，表現在從最原生態的藥鋪到今天的多元化經營、品類管理，再到IT技術的應用
全民醫保的目標實現後，廣大的農村和基礎市場的藥品消費能力將被發掘，主流連鎖藥店的網點由基本飽和的城市區域向藥店密度較低的縣城和富裕城鄉等低端下沈，多開店、開小店將成為壹種趨勢而且，新醫改提倡的預防為主的健康理念，對公***衛生、慢病防治的投入加大，將要求藥店行業在今後加強健康服務的功能，以提升專業服務水平獲得競爭優勢可以預見，未來中國的醫藥業態將由分散走向集中，從粗放式經營走向規範化發展