基層衛生組織疫情防控管理包括：
1、謹慎接診三類群體
遇到這三類患者要謹慎處理：發熱病人；外地來人，尤其是從中高風險地區返鄉的人員；與確診、疑似病例接觸的人群。
對以上三類人群，必須按照上級要求處置，並及時上報，安排好患者轉診。
對就診患者壹定要做到引導其“掃碼、測溫、戴口罩”防疫三要素，不可馬虎大意。
2、及時掌握疫情防控基本知識
基層醫療機構人員、診所人員等要加強對新冠肺炎疫情防控基本知識掌握情況，包括病例的發現與報告、流行病學調查、轉診要求、院感管理和個人防護措施等。
3、做好流行病學史詢問及健康監測
對重點疫區來村人員、入境人員進行流行病學史詢問、搜集及健康監測，對不明原因發熱患者進行排查、登記、報告以及轉診情況。
4、落實“六有兩規範”
即臨時預檢有登記、診療有日誌、疫情有報告、轉診有記錄、用藥有處方、藥品有臺賬、抗生素使用規範、醫療廢物管理規範。
對有發熱或呼吸道癥狀的患者，應做好患者信息登記，在1小時內上報到所在地衛生健康部門。
詢問並登記患者的姓名、性別、身份證件號、手機號、居住地址、緊急聯系人及聯系方式等基本信息。
詢問並記錄發熱前14天內患者的旅行史或居住史、與其他發熱或有呼吸道癥狀患者的接觸史、生活或工作場所的聚集性發病史。疫情期間還包括重點地區旅行史或居住史、與確診病人的接觸史。
詢問患者臨床表現，包括發熱和呼吸道癥狀、發病時間、鑒別診斷癥狀等。
5、做好診室消毒工作
及時安排相關人員對診室及相關區域進行終末消毒。
室內：每日定時做好消毒工作，加強物表消毒、診療環境通風，有條件的做好空氣消毒。
接診：嚴格執行就診患者管理，落實“壹人壹診壹室”。引導群眾有序就診，避免紮堆及患者二次集聚。
個人：醫生自己要做好防護，應佩戴醫用外科口罩、穿工作服、戴工作帽，規範落實手衛生等。
6、規範管理和使用消毒產品
有關機構消毒這塊工作，必須做到這些：
規範購進和使用合格的消毒產品。
按照消毒產品配比比例進行有效消毒。
杜絕使用過期消毒產品。
及時進行有效消毒。
規範儲存消毒產品。
合理處置過期消毒產品等。
7、做好醫療廢物分類放置
在各地專項檢查中，有壹項檢查重點就是醫療廢物儲存問題。
醫療廢物暫存處要上鎖，設警示標示。醫療廢物應當按照類別分置於專用包裝物或者容器內，由醫療廢物集中處置單位或上級醫療衛生機構集中處置，盛放醫療廢物的包裝物或容器應當有警示標識、中文標簽。