食品經營許可證和食品流通許可證本質上沒有區別。
為全面貫徹落實《中華人民***和國食品安全法》、《食品經營許可管理辦法》等法律、法規及規章要求，國家食品藥品監督管理總局決定自2015年10月1日起，正式啟用《食品經營許可證》，食品流通許可和餐飲許可合並為食品經營許可。
食品流通許可證是以前，做食品批發、零售需要辦理的。食品經營許可證是包括不需要拿食品生產許可證的小作坊、餐館、糕點鋪和經營批發、零售的商店等。區別是以前的流通許可證不包括加工，而經營許可證是合並了衛生許可證和流通許可證，是範圍大小問題。
擴展資料：
《食品經營許可管理辦法》***八章56條，著力從破解食品經營許可工作重點難點問題入手，全面規範食品經營許可工作，提高食品經營許可工作的有效性、操作性，主要內容為：
壹、實行壹地壹證原則。
《辦法》明確從事食品銷售和餐飲服務活動，應當依法取得食品經營許可。要求食品經營許可實行壹地壹證的原則，也就是同壹經營者在二個以上不同經營地點從事經營活動，應當分別取得食品經營許可。明確省級食品藥品監督管理部門可以根據食品類別和食品安全風險狀況，確定市、縣級食品藥品監督管理部門的食品經營許可管理權限。
二、采取三種經營業態、10個經營項目實施分類許可。
《辦法》規定食品經營許可必須“先照後證”，明確將食品經營許可分為3種經營主體業態、10個經營項目，實施分類許可。3種業態是食品銷售經營者、餐飲服務經營者、單位食堂，10個經營項目分別為預包裝食品銷售、散裝食品銷售、特殊食品銷售、其他類食品銷售；熱食類食品制售、冷食類食品制售、生食類食品制售、糕點類食品制售、自制飲品制售、其他類食品制售等。
三、規定了許可證核發程序。
規定審核部門要對申請材料的實質內容進行核實並進行現場核查，現場核查人員不得少於2人，自接受現場核查任務之日起10個工作日內完成。規定縣級以上食品藥品監督管理部門應當自接受申請之日起20個工作日內作出是否準予行政許可的決定，因特殊原因需延長期限的，經本行政機關負責人批準，可以延長10個工作日。同時明確食品經營許可在變更、延續、補辦、註銷4種情形的提交材料、時限等內容。
四、明確許可證記載內容。
許可證分為正本、副本，省級食品藥品監督管理部門負責本行政區域食品經營許可證的印制發放等管理工作。明確食品經營許可證載明內容為：經營者名稱、社會信用代碼、法定代表人、住所、經營場所、主體業態、經營項目、許可證編號、有效期、日常監督管理機構、日常監督管理人員、投訴舉報電話、發證機關、簽發人、發證日期和二維碼等16項。明確食品經營許可證有效期為5年。
五、規定了監管責任。
《辦法》第六章第39—44條，規定了各級食品藥品監督管理部門的職責任務。第七章第45—51條，明確許可申請人、被許可人、食品經營者、食品藥品監督管理部門違反本《辦法》規定的相關行政處罰條款。
參考資料：《食品經營許可管理辦法》-百度百科