雖然南通市和揚州市都在江蘇省，但是南通市和揚州市的醫保系統是獨立的，所以南通的醫保卡不能直接在揚州藥店使用。醫保卡通常在醫保所在的定點醫療機構使用，也就是說南通的醫保卡只能在南通的定點醫療機構購買藥品。如果需要在揚州購買藥品，建議帶上現金或者其他支付方式購買。如需使用醫保卡在揚州買藥，可咨詢當地醫保部門或藥店，了解是否有相關合作協議或政策。
醫保卡的使用流程壹般如下:
1.辦理醫保卡:持有社會保障卡或醫保電子證的人員，可在當地社保或醫保管理機構辦理醫保卡。辦理時需要提供身份證、社保卡或醫保電子證等證件材料，繳納壹定的辦卡費用，然後等待醫保卡辦完；
2.就醫前查詢醫保信息:就醫前可以查詢自己的醫保信息，包括個人基本信息、醫保類型、報銷比例、余額等。通過醫保卡查詢終端；
3.持卡就醫:持卡人到醫療機構就醫時，需要出示醫保卡。醫療機構會通過醫保卡讀卡器讀取醫保卡上的信息，以確定該卡是否有效，是否可以使用。就醫時要註意，醫保卡只能在規定的醫療機構和醫療服務範圍內使用，否則不予報銷；
4.醫保結算:就醫完成後，醫療機構將醫療費用記錄在電子結算系統中，並通過醫保卡讀卡器將醫療信息上傳至醫保中心進行費用結算。醫保中心根據醫保政策和個人繳費情況，計算出應報銷的費用，並將已報銷的費用打入持卡人醫保賬戶；
5.醫保賬戶管理:持卡人可以通過醫保卡查詢終端查詢自己的醫保賬戶余額、歷史報銷記錄等信息，對醫保賬戶進行管理和查詢。
綜上所述，醫保卡在不同地區的使用流程可能會有所不同，具體使用流程和政策可以咨詢當地醫療保險管理機構或相關部門。此外，持卡人在使用醫保卡時，應遵守醫保政策法規，註意就醫選擇，避免違規和醫療欺詐。
法律依據:
《中華人民共和國社會保險法》第二十六條
職工基本醫療保險、新型農村合作醫療和城鎮居民基本醫療保險按照國家規定執行。
第二十八條
符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準和急診搶救的醫療費用，按照國家規定由基本醫療保險基金支付。
第二十九條
參保人員醫療費用中應由基本醫療保險基金支付的部分，由社會保險經辦機構、醫療機構和藥品經營單位直接結算。
社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇。