追溯歷史，重慶市中醫院是壹所跨越三個世紀的知名醫院，至今已有107年的悠久歷史。
合並前，重慶市中醫研究院由法國方濟會仁愛修女會創辦於 1902 年。合並前的重慶市中醫研究院前身為1902年由法國方濟各會聖母修女會創辦的仁愛堂醫院，1943年與1945年成立的老伴中醫院合並，1955年經重慶市政府批準成立重慶市第壹中醫院，1966年經國家科委批準成立重慶市中醫研究院。
重慶市中醫院的前身是1896年由英國人創辦的仁濟醫院，1950年***接手組建重慶市第三人民醫院，1955年組建為重慶市第二中醫院，1985年經***批準更名為重慶市中醫院。
歷史的腳步邁進了二十壹世紀，新時期對人民群眾的醫療保健提出了更高的要求，為了滿足廣大人民群眾日益增長的人工智能醫療保健需求，更好地繼承和發揚祖國醫學，實現把我市建設成為長江上遊醫療中心的宏偉目標，市***在《關於進壹步發展中醫藥事業的決定》中提出。作出了重慶市中醫藥研究院與原重慶市中醫院合並組建新的重慶市中醫院、重慶市中醫藥研究院的決定。
從此，壹個強強聯合、優勢互補、資源**** 享的新重慶市中醫院（重慶市中醫研究院）為我市中醫藥事業的發展翻開了新的壹頁。
重點學科是皮膚科，始建於1934年，歷史悠久，規模較大，是國家中醫藥管理局重點建設學科、重點建設專科和重點研究室，重慶市首批醫學重點學科。
衛生部化妝品皮膚病診療機構、衛生部化妝品人體安全與功效檢驗機構、重慶市皮膚病研究所、重慶市性病監測中心、重慶市中西醫結合皮膚病防治中心均設在該科。
目前正在建設西部地區中西醫結合皮膚科醫師培訓基地。