根據上述職責，市衛生局設11個職能處室。 （壹）辦公室（法制處）
協助局領導組織、協調、督促局機關政務工作；擬定衛生工作重大政策，提出重要工作部署和年度工作計劃。參與局有關政策的調研和擬定***和；負責會議組織、文電處理、秘書事務、機要保密、信息、信訪、檔案管理、後勤服務及局機關的計劃生育管理等工作。做好領導同誌指示和批示的檢查督辦工作；負責修誌編史工作；牽關負責人大代表、政協委員有關衛生建議、提案的辦理工作；負責衛生統計、信息化工作。
負責全市衛生事業有關政策的調查研究和衛生規章制度及重要文件的起草工作；組織指導全市衛生系統普法教育，協調有關處室對衛生行政訴訟案件的應訴；負責衛生行政復議；研究擬定地方性衛生行政規章；組織、指導全市衛生法律工作。
（二）人事處
組織擬定衛生人才發展規劃及年度工作計劃；指導全市衛生人事、分配制度改革；配合有關部門研究制訂全市衛生機構編制標準、衛生人員工資津貼政策及實施方案；負責幹部和工人的錄用、調配、轉復員軍人等對象的政策性安置和畢業生就業工作；負責衛生專業技術人員的資格認定和職稱工作；負責工作技術等級考核有關工作；負責局機關和直屬單位的機構編制、勞動用工、考核、獎懲、工資福利、退休退職、出國政審初審和專家選拔管理等工作；負責全市衛生系統表彰工作；承擔衛生援疆幹部的派遣任務。
（三）規劃財務處（審計處、人武保衛處）
研究擬訂全市衛生事業發展規劃，統籌協調全市衛生資源配置，編制全市衛生事業經費預算、決算、實施衛生財務宏觀管理，擬定衛生財務管理規章並監督實施；研究提出衛生服務價格建議，協同有關部門指導全市醫療衛生收費管理並監督檢查；協調國外衛生貸款的利用工作；負責全市衛生基本建設及管理，協助有關部門指導農村“三項建設”；指導直屬事業單位固定資產和宣和後勤管理；負責機關預算內、外經費的會計核算和財務管理工作；負責衛生產業管理；負責對市直單位會計核算、財務管理、經濟管理的指導、監督、檢查；組織實施和監督檢查直屬單位內部審計工作和會計機構負責人委派等工作。
負責檢查指導市直單位安全生產、保衛、消防、人防、雙擁和社會治安綜合治理、環境保護、綠化工作；指導和加強衛生系統的民兵預備役建設管理工作，組織民兵、預備役人員的軍事訓練和政治教育，指導市直單位人武工作。
（四）衛生監督和疾病控制處（市血吸蟲病地方病防治領導小組辦公室）
監督、管理全市傳染病及食品、職業、環境、放射和學校衛生；組織食品、化妝品衛生監督監測並負責《食品衛生許可證》的發放、管理和《化妝品衛生許可證》的初審工作；擬定傳染病、慢性非傳染性疾病及公***衛生相關疾病的防治規劃和措施；組織對重大傳染病的綜合防治；組織調度全市的衛生技術力量，對重大突發疫情、病情實施緊急處置，防止和控制疫情及疾病的發生和蔓延；承辦市血吸蟲病、地方病防治領導小組的日常工作。
（五）基層衛生與婦幼保健處
研究擬訂全市農村衛生、初級衛生保健的發展規劃和服務標準；研究城市基層衛生服務體系的改革；指導農村基層衛生組織的建設；擬訂並組織實施全市婦動衛生工作規劃、政策措施和母嬰保健技術標準；指導全市婦女保健、兒童保健業務，監督母嬰專項技術的實施；負責計劃生育技術服務的質量監督和業務指導；做好托幼機構衛生保健工作；組織協調有關部門開展婦幼保健工作。 （六）醫政處
研究指導醫療機構改革，擬定並組織實施全市醫療技術、重點專科發展規劃、醫療管理制度、技術操作規程和醫療質量標準；負責監督醫療機構的醫療質量和服務質量；負責醫療機構和從業人員的監督管理；依法監督管理血站、單采血漿站的采供血及臨床用血質量；負責協調處理各種醫療糾紛，承辦醫療事故技術鑒定委員會委托的有關事務；協助做好重大突發事件、自然災害的醫療救護；組織協調各類法定體檢；協助有關部門開展傷殘鑒定、司法鑒定。負責社區衛生服務及廠礦企業醫療機構工作的管理；負責全市醫療衛生機構大型醫療設備的配置計劃與實施；負責衛生系統的藥品、醫用生物制品及醫療儀器設備采購使用的監督管理。
（七）科教處
擬定人才培養、學科建設、科技發展規劃和管理辦法；負責醫學科學研究和重大技術攻關項目的政策措施和項目計劃管理，並組織實施；組織協調重點醫學科研攻關；組織醫學科技成果的鑒定，指導成果的推廣應用；會同有關部門做好醫學科研機構的建立和調整；負責繼續醫學教育和成人教育的管理工作；指導和協調中等衛校的管理工作，負責新專業設置的審核、報批工作。
（八）中醫管理處（社會醫療保健處）
會同規劃財務處擬訂並組織實施全市中醫事業發展規劃；參與制訂全市占醫法規、規章及相應政策，並負責監督檢查；負責全市各級中醫機構執業活動的審核、報批和管理；負責管理和指導醫療保健機構的中醫工作。參與市醫療保險制度有關改革方案、政策、規定的制（修）訂；配合醫保部門組織各級醫療定點機構實施醫改方案；配合醫保部門對定點醫療機構的醫療行為實施管理和監督，指導各級醫療機構合理控制藥品比例；參與研究定點醫療機構參保病人醫療費用的結算辦法；參與職工醫療保險基本用藥目錄的修訂；擬訂幹部保健工作計劃及有關政策、規定，並監督實施；負責全市重要會議、重大活動的醫療保健；管理市各有關部門的幹部醫療保健等工作；配合做好市級機關幹部、離退休人員、高級知識分子的保健體檢工作。
（九）市愛國衛生運動委員會辦公室
擬定全市愛國衛生工作的長遠規劃、年度計劃；統籌協調市愛委會各成員部門工作職責的落實；積極參與創建衛生城市活動，並做好協調工作；組織開展創建衛生鎮、村和衛生街道、社區居委會工作；組織開展農村改水、改廁工作；負責開展城鄉社會性公***衛生和經常性檢查工作；組織群眾性的社會衛生監督活動；擬定全市健康教育規劃；負責健康教育管理工作；組織開展除害防病和單位衛生工作。
（十）組織處（老幹部處）
擬定並組織實施全局組織工作計劃；指導、檢查、督促基層單位黨組織建設；指導基層黨組織換屆選舉；負責對基層單位領導班子、中青年幹部的考察、幹部培訓、黨員管理和發展工作；承辦局管幹部和基層黨員幹部出國（境）的審核、上報；負責推薦、考察系統內各級人大代表、政協委員；做好系統內統戰、知識分子、臺灣事務、僑務等工作；負責局管基層領導幹部及局機關人員幹部人事檔案工作；負責機關和直屬單位離休幹部工作。
（十壹）宣傳處
擬定全市衛生系統幹部、黨員、職工政治思想和職業道德教育工作計劃，並組織實施；組織開展創建文明單位、文明行業和優質服務競賽活動；宣傳推廣交流衛生系統精神文明建設的經驗和成果；組織全系統的新聞報道，開展普法教育和政研會活動；政工人員崗位培訓，負責市直屬單位政工人員政工職稱的評定及推薦上報工作。
按有關規定設置紀委（監察室）、工會、團委。