（2）口服中藥。由於從口腔吸收到臟腑再到達皮膚，藥力損失較大，這種口服中藥采用扶正祛邪的原理，不能直接殺滅病毒，所以效果並不理想，而且要長期連續服用幾十天，壹般人很難堅持。常用藥物中成藥五妙水仙膏或中藥湯劑加馬錢子、大青葉、敗醬草、紫草、薏苡仁、桑葉、杭州菊花等。外治，用三七30克或苦參30克切片，煎湯洗患處，每日2～3次；或用馬齒莧30克，蒼術、茺蔚子、白芷、細辛各9克，蛇床子12克，苦參15克，陳皮15克，煎湯熱洗患處，每日3～5次。每日煮粥，加薏苡仁30克同煮，堅持1～3個月，扁平疣可自行脫落。
用苦瓜60克、豆角60克、藍莓70克、木匠骨50克。熬成湯藥洗凈，壹日三次，薏米湯500克，壹日口服10克。再配合病毒靈，壹日三次，壹次2粒。
（3）註射激素轉移因子。西醫治療扁平疣主要是註射轉移因子等激素來提高機體免疫功能。由於這種間接治療並不能直接殺滅扁平疣病毒，所以治愈率也很低，尤其是對於壹些年齡較大的人來說。
（4）激光根除法。
通過提高患者的免疫力，可以達到治愈的目的。
（5）激光根治法：這種方法是通過激光對人體進行照射，使人體的免疫力得到提高，從而達到治愈疾病的目的。具體方法是：口服左旋咪唑50毫克，每日3次，連服10次停藥10天。停藥後服病毒靈，每次0.1克，每日3次，連服10天。在服左旋咪唑或病毒靈期間，每日服維生素A2.5萬單位，壹日3次，同時外塗5%雷鎖辛溶液，壹日2次。以上為壹個療程。經過 2-3 個療程，最多 3-4 個療程，皮疹會變平消退，不留痕跡。在治療期間，應使用專用的面巾，每周至少煮沸消毒兩次，以避免病毒再次感染。暫時不要在臉上使用化妝品，以免影響療效。由於左旋咪唑會降低白細胞，因此需要在醫生的指導下使用。治療前後應檢測白細胞總數。
西醫治療：
（1）汽化激光或電灼。但只能去除較明顯的疣體，壹般面部不采用此法。
（2）面部可塗抹維甲酸或水酸，註意保護正常皮膚。
（3）口服病毒靈，每次口服0.2克，壹日三次，壹個月為壹療程。
（4）肌註多粘菌素、幹擾素治療。
（5）促進免疫治療，口服咗咗咪唑。
（6）液氮冷凍療法。
上述西醫治療效果並不理想，最好的治療效果是勉強切除部分疣體組織，但對於致病病毒無能為力，復發率很高。 其中壹些治療方法，如抗病毒、幹擾素等，對人體副作用較大，治療效果並不好。西醫有時也采用上述多種療法聯合治療，但效果並不理想。(對於任何壹種病毒現代西醫都沒有特效藥來對付）