當前，我國醫藥行業總體上表現出全線擴張的上升勢頭，並釋放出卓而不凡的巨大潛力。同時，由於國際市場復蘇緩慢、國際貿易保護主義普遍擡頭等因素的影響，我國醫藥外貿面臨的阻力和困難將會加劇。筆者認為，我國醫藥產業發展必須克服的主要困難與障礙有以下幾個方面：
國際金融危機及相關不確定因素的負面影響仍在
當前，國際金融危機尚未顯出觸底跡象，普遍預計2010年全球經濟增長率在2%~3%之間。據IMS統計，2010年全球醫藥市場相對表現較好，將增長4%~6%，市場規模將超過8250億美元；到2013年，全球醫藥市場的年復合增長率將保持4%~7%的速度，屆時市場規模預計將超過9750億美元。
盡管醫藥行業的預期好於其他行業，但危機帶來的影響依然不可低估。各大跨國制藥企業為縮減成本和提高生產效率，普遍開始緊縮支出、重組內部機構、調整研發重點、暫緩上馬新項目等。受國際市場需求整體萎縮和監管政策趨嚴等因素影響，2010年我國醫藥產品出口面臨的壓力依然較大。其中，中成藥貿易將會繼續出現逆差。壹些相關保健品及用於康復和理療用途的按摩器具產品出口面臨的阻力短時間內亦難消除，形勢不容樂觀。同時，歐美、印度和壹些新興經濟體國家因受到金融危機的沖擊，出於維護本國企業利益的考慮，將會對中國制造的醫藥產品加以限制，出現了更多贊同貿易保護的觀點。如諾貝爾經濟學獎得主保羅·克魯格曼在《紐約時報》發表文章稱，“中國重商主義導致的出口盈余損害了全世界的利益，且這種政策是掠奪性的。”國際大氣候決定了貿易摩擦將在所難免。而同時，美國等國家在人民幣升值問題上也會繼續對我國施壓，不排除發生新壹輪的幣值之爭，我國面臨的整體貿易環境將會十分復雜與嚴峻。
產業結構升級的任務日益緊迫
2008年，我國制藥銷售收入超過500萬元以上的企業數量為5949家，累計銷售收入6561億元人民幣，平均每家企業的銷售額僅為1.1億元人民幣。工業百強合計銷售收入為2469億元人民幣，百強企業整體集中度為41%,而全球前十大制藥企業銷售總收入占全球醫藥市場的比重從1993年的25%，上升到2008年的45%。美國排名前十位的制藥公司占據了全美90%的銷售份額。全球排名前十位的制藥企業，其研發投入占當年銷售收入的比重壹般在15%~20%，而我國制藥企業的這壹比例不足1%，優秀的企業也很少超過5%。企業研發投入少、創新能力弱，壹直是困擾我國醫藥產業深層次發展的關鍵問題。大部分企業的研發投入比重處於非常低的水平。同時，國內風險投資市場尚未建立，整個技術創新體系中間環節出現嚴重斷裂。目前，我國醫藥研發的主體仍然是科研院所和高等院校，大部分企業無法成為醫藥研發的主體，使壹些關鍵性產業化技術長期沒有突破，制約了產業向高技術、高附加值的下遊深加工產品領域延伸，產品更新換代緩慢，無法及時跟上和滿足市場需求，產學研貿出現了嚴重割裂。盡管我國醫藥制造產業集中度有了較快提高，但與國際發達國家相比，仍然有較大的差距。企業多、小、散的現狀制約了醫藥創新能力的提高。
此外，在商業流通領域也同樣存在集中度低的問題。2009年，我國***有1.3萬家醫藥批發企業，全國醫藥商業銷售總額為4699億元人民幣，前三大批發企業——國藥、上海醫藥、九州通的銷售額約為1000億元人民幣，占市場銷售總額的21%左右，而另外的約1.25萬家的銷售額加在壹起不到700億元人民幣，只占到15%的市場份額，平均每家約為560萬元人民幣。美國前三大醫藥批發企業Cardinal，Mckesson和AmerisourceBurgen的銷售額就占整個市場銷售額的90%，排名前十位的醫藥批發企業的市場份額就達到96%。我國醫藥商業領域過多的小企業導致無序競爭嚴重，服務能力普遍不高，不正當競爭，特別是與醫院利益捆綁的暗箱操作十分盛行。
能耗大、汙染重和資源浪費對產業可持續發展形成威脅
我國醫藥產業是環保治理的重點行業之壹，大部分化學原料藥生產能耗較大、環境汙染嚴重、附加值較低，三廢處理、環境保護的壓力不斷加大。在我國躍居世界第壹大原料藥生產國的背後，資源和能源的犧牲成為難以計算的成本。我國的青黴素工業鹽年產量為6萬噸，占世界產量的90%；維生素C年產量超過30萬噸，占世界產量的60%；檸檬酸年產能已達70萬噸，占世界產量的65%。甚至許多貧窮國家都不生產的大宗原料藥在我國還進行著大規模的生產，產業發展環境並沒有由於產值的增加而改善，反而更趨嚴峻，人與自然的和諧關系受到了前所未有的挑戰。此外，中藥資源保護相關法規建設滯後，中藥材的種植及生產方式較落後，缺乏必要的組織，沒有形成壹定的規模，生產種植過程中缺乏必要的市場信息引導，致使中藥材的開發利用處於無序狀態之中。壹方面，野生藥材資源的過度開采，導致部分品種處於瀕危的境地，甚至面臨滅絕；另壹方面，因為盲目種植，導致大量積壓，造成巨大的資源浪費。許多中藥材通過初級產品形式，以很低的價格出口。如我們常用的500種中藥材當中，必須予以保護的就達112種，其中瀕危10種，稀有38種，漸危46種。壹些中藥材，如甘草、麻黃、銀柴胡、肉蓯蓉、雪蓮、紅景天、冬蟲夏草、川貝母等，由於過度采挖或掠奪式開發，資源量逐年萎縮，已開始影響到中醫臨床用藥及制藥企業的生產。
普遍缺乏國際認證的產品和國際市場運作的經驗
入世以後，國內外市場的界限日益模糊，中外企業之間呈現多方博弈的格局。在與國際接軌的過程當中，我國醫藥企業主要有三大明顯短板：壹是獲取國際市場尤其是規範市場準入的能力不足。我國大部分化學原料藥產品沒有取得國際市場進入許可證，制劑產品通過美歐等發達國家cGMP認證的更是少之又少，不足20家。二是企業普遍缺乏國際藥品市場運作經驗的專業人才，國際化營銷能力薄弱，絕大多數企業只做產品，不做市場，沒有真正在國外打響自己的品牌。三是在與國際交往的過程當中，對知識產權問題的處理也不盡妥當，經常遭遇尷尬境地。其中，藥品知識產權保護壹直是我國醫藥企業發展的薄弱環節，也是與國外企業產生糾紛的多發地帶。我國在1993年1月1日實施的修改版《專利法》中，就對藥品化合物實施了專利保護。同時，根據1992年中美簽署的《中美知識產權備忘錄》，對1986年至1992末在美國、歐盟、日本等40多個國家取得專利的藥品發明給予壹種追溯性質的行政保護作為彌補，從而為藥品知識產權保護建立了重要的法律制度。入世後，我國的知識產權保護工作有了明顯改善，但與要求仍然有很大差距。與對國外專利醫藥產品進行保護形成反差的是，我國擁有的具有自主知識產權的醫藥產品卻寥若晨星。在國家知識產權局的《發明專利公報》中，我國化學藥物專利申請極少，而且多為工藝或劑型改進的專利，國外申請則占到90%以上，其中絕大部分是新化學合成藥物；中藥專利申請數量相對較多，但普遍質量不高，即使給予授權，其保護範圍也很小；生物藥物的專利申請我國雖然占到近壹半，但發明的創造性和質量與國外相比相差甚遠。
總的來看，盡管我國醫藥行業未來發展之路充滿荊棘與挑戰，但前景卻會越加光明。相信會有更多的中國醫藥企業從自身實際出發，盡可能地抓住每個機遇，積極開拓，勇於進取，在國際市場上實現企業利益的最大化。同時，中國國內市場經過調整與重組，也有望實現良好的運行秩序，釋發出更大的商機與潛能，成為國際醫藥企業特別青睞的巨大市場。中國躋身世界醫藥強國之林為期不遠。