1、申請：申請人向食品經營許可的服務窗口提出許可申請，提交申請材料。
2、受理：窗口受理人員接收材料，於5個工作日內作出受理決定。如材料齊全、符合法定形式的，可當場受理並發放《受理通知書》，受理後，將申請信息發至審查環節，材料不齊、不符合法定形式的，應當壹次性告知申請人需要補齊、更正的全部內容，不屬於本機關許可事項的生成《不予受理通知書》。
3、審核：收到許可申請信息和申請材料後，許可審查崗位人員對申報資料審查。重點審查材料的合法性、合理性和申請事項的對應性，提出審核意見，並將有關信息和材料報送審核環節。該環節自受理後立即辦理。
4、審批：作出審批結論，審批合格的，作出同意核發《食品經營許可證》的結論，審批不通過的，作出不予許可的結論。該環節自審核後立即辦理。
5、辦結，根據審批意見或論，生成相應的文書：經審批合格的，生成《食品經營許可證》審批通過的，生成《不予食品經營許可決定書》。
6、結果公示許可機關自作出審批決定之日起同步在網上公示許可信息。
7、結果送達：申報人按約定的方式通過服務窗口領取辦理結果文書。或者根據需要選擇物流方式(快遞)由受理申請的許可機關快遞送達。或者直接打印電子證書。食品經營許可證換證需要提交材料。據《食品經營許可管理辦法》第十二條申請食品經營許可，應當向申請人所在地縣級以上地方食品藥品監督管理部門提交下列材料：(壹)食品經營許可申請書，(二)營業執照或者其他主體資格證明文件復印件，(三)與食品經營相適應的主要設備設施布局、操作流程等文件，(四)食品安全自查、從業人員健康管理、進貨查驗記錄、食品安全事故處置等保證食品安全的規章制度。利用自動售貨設備從事食品銷售的，申請人還應當提交自動售貨設備的產品合格證明、具體放置地點，經營者名稱、住所、聯系方式、食品經營許可證的公示方法等材料。申請人委托他人辦理食品經營許可申請的，代理人應當提交授權委托書以及代理人的身份證明文件。