遊啟東教授研究組主要從事藥物化學、生物有機化學和化學生物學的研究，涵蓋抗腫瘤藥物、心血管藥物、抗菌藥物、手性藥物等。近年來，承擔了國家“863”、“973”科技計劃、國家自然科學基金重大項目、國家“十五”重大科技項目、省部級科技攻關項目等20余項縱向研究課題。
尤啟東教授壹直在《癌發生學》、《分子癌癥治療學》、《癌癥快報》、《生物化學生物物理學研究通訊》、《四面體快報》、《生物有機藥物化學》、《歐洲醫學化學雜誌》等雜誌工作，發表SCI論文60余篇，申請專利34項，授權專利15項，主編或參與余本學術著作和教材的編寫。獲得省部級科技進步獎5項，多次獲得教育部和江蘇省國家級精品課程和教學成果獎。1994被教育部授予霍英東優秀青年教師獎，1999享受州政府特殊津貼。2002年獲教育部高等學校優秀骨幹教師，2004年獲江蘇省五壹勞動獎章，2005年獲江蘇省有突出貢獻中青年專家。2005年獲得德比奧-CCRF中國獎(鼓勵獎)，2006年被教育部授予“高校教學名師”稱號。