主要區別有，性質不同、特點不同、應用不同，具體如下：
壹、性質不同
1、瓊脂
瓊脂，又名洋菜、海東菜、凍粉、瓊膠、石花膠、燕菜精等，是以藻類的石花菜屬及江蘺屬制成的產品，為最常用的微生物培養基的固化劑。
2、魚膠粉
魚膠粉，又稱吉利丁粉、吉利T粉，是提取自魚膘、魚皮加工制成的壹種蛋白質凝膠。
3、明膠
食用明膠是利用豬、牛、羊等動物的骨和皮的膠原．通過變性降解加工而成。
二、特點不同
1、瓊脂
瓊脂的凝點和熔點之間的溫度相差很大。它在水中需加熱至95℃時才開始熔化，熔化後的溶液溫度需降到40℃時才開始凝固，所以它是配制固體培養基的最好凝固劑。用瓊脂配制的固體培養基，可用以進行高溫培養而不熔化，在凝固之前接種時，也不致將培養物燙死。
2、魚膠粉
魚膠粉有抗氧化的作用，能促進細胞的新陳代謝，是純蛋白質成份，不含澱粉，不含脂肪，不但是低熱量的健康低卡食品，更可以補充肌膚大量的膠原蛋白。
3、明膠
食用明膠是膠原的水解產物，是壹種無脂肪的高蛋白，且不含膽固醇，是壹種天然營養型的食品增稠劑。食用後既不會使人發胖，也不會導致體力下降。明膠亦是壹種強有力的保護膠體，乳化力強，進入胃後能抑制牛奶、豆漿等蛋白質因胃酸作用而引起的凝聚作用，從而有利於食物消化 。
三、應用不同
1、瓊脂
廣泛用於制造粒粒橙及各種飲料、果凍、冰淇淋、糕點、軟糖、罐頭、肉制品、八寶粥、銀耳燕窩、羹類食品、涼拌食品等等。
2、魚膠粉
魚膠粉的用途非常廣泛，不但可以自制果凍，更是制作慕斯蛋糕等各種甜點不可或缺的原料。
3、明膠
食用明膠作為壹種增稠劑廣泛使用於食品工業的添加如果凍、食用色素、高級軟糖、冰激淩、幹醋、酸奶、冷凍食品等。
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