藥品經營許可證換證的流程如下：
1、提交申請：藥品經營企業需要在藥品經營許可證到期前3個月內，向原發證機關提交申請，申請換證。在申請時，需要提供相關證明材料；
2、審核：發證機關收到申請後，會進行審核。審核的內容包括藥品經營企業的資質、經營場所、設備、人員、管理制度等方面；
3、現場檢查：審核通過後，發證機關會進行現場檢查。檢查的內容包括經營場所、設備、人員、質量控制制度、藥品貯存等方面；
4、發證：檢查合格後，發證機關會重新發放藥品經營許可證。
藥品經營許可證換證需要的材料：
1、《藥品經營許可證》換證申請審查表；
2、委托書及經辦人身份證復印件；
3、營業執照復印件；
4、企業負責人、質量負責人的任命文件、個人簡歷、身份證、學歷、執業藥師證、繼續教育證；
5、營業場所及主要設施設備平面布置圖；
6、企業質量管理文件目錄；
7、營業場所主要設施、設備目錄；
8、《藥品經營許可證》正、副本原件。
綜上所述， 食品藥品監督管理部門應加強對《藥品經營許可證》持證企業的監督檢查，持證企業應當按本辦法規定接受監督檢查。
法律依據：
《藥品經營許可證管理辦法》第十九條
《藥品經營許可證》有效期為5年。有效期屆滿，需要繼續經營藥品的，持證企業應在有效期屆滿前6個月內，向原發證機關申請換發《藥品經營許可證》。原發證機關按本辦法規定的申辦條件進行審查，符合條件的，收回原證，換發新證。不符合條件的，可限期3個月進行整改，整改後仍不符合條件的，註銷原《藥品經營許可證》。
食品藥品監督管理部門根據藥品經營企業的申請，應當在《藥品經營許可證》有效期屆滿前作出是否準予其換證的決定。逾期未作出決定的，視為準予換證。