不適當的指示
幹擾素和拉米夫定都有嚴格的適應癥，並不是所有乙肝病毒感染者都能適用。這兩種藥物的適應癥為慢性乙肝患者，轉氨酶高於正常值上限2 ~ 10倍，肝臟炎癥明顯。此時患者處於“免疫清除期”，即體內免疫功能啟動，乙肝病毒被圍剿清除。這時候用抗病毒藥物來輔助，效果顯著。在“免疫耐受期”，轉氨酶正常或略高於正常值，肝臟炎癥輕微或無。比如乙肝病毒攜帶者對乙肝病毒“視而不見”，此時應用任何抗病毒藥物都沒有用。在這方面，幹擾素和拉米夫定的作用極其有限。
如果適應證選擇準確，療效會明顯提高。如果適應癥選擇不當，不但不能收到滿意的療效，還會挫傷患者的治療信心，或造成對抗病毒治療的抵抗，產生“抗病毒無效論”，影響乙肝患者的正常用藥。
抗HBV藥物有局限性。
慢性乙肝用幹擾素或拉米夫定都不行，用藥後不壹定能恢復。事實上，抗乙肝病毒藥物有其局限性。目前所有抗病毒藥物對乙肝病毒復制的原始模板(cccDNA)無效。壹旦停藥，乙肝病毒會以cccDNA為模板繼續復制，結果導致大量新的乙肝病毒再次猖獗，導致肝病復發。醫學家指出，只有堅持長期用藥，最大限度地抑制病毒在體內的復制，並參與自身的免疫功能，才能最終消滅病毒，使患者康復。
慢性乙肝患者用藥時，要消除速戰速決的觀念，做好長期用藥的準備。“速效論”是騙人的，不能相信。
抗HBV藥物的另壹個局限性是患者的“應答率”不是100%(應答是指服藥後，-HBeAg轉陰，抗-HBe轉陽，HBVDNA轉陰，轉氨酶正常)。幹擾素治療慢性乙肝的“有效率”約為40%，而長期有效率僅為30%左右。拉米夫定治療慢性乙肝1年時，HBeAg陰轉率不到20%，抗HBeAg陽性率只有15%左右。雖然HBVDNA轉陰率高達96% ~ 100%，但如果HBeAg不轉陰或抗HBeAg不轉陽，很容易復發。所以，既要看到抗病毒藥物的有效性，也要了解其局限性，正確認識這些藥物。我們不應該因為它們的局限性而拋棄它們，也不應該因為它們的有效性而盲目樂觀。
藥物的毒副作用
“藥有三種”，抗HBV藥物也有副作用，往往因人而異。幹擾素的應用不僅可引起流感樣綜合征，還可引起白細胞和血小板減少、脫發和抑郁，有時因毒副作用而使治療受挫。拉米夫定有時會引起胃腸道反應。
乙型肝炎病毒變異
慢性乙型肝炎是壹種復雜多變的疾病。在抗病毒藥物和人體免疫壓力的作用下，病毒往往會發生變異，從而導致治療失敗。在治療過程中，患者的病情經常出現波動和反復，並不壹定歸因於抗病毒藥物的應用。此外，慢性乙肝患者的免疫功能紊亂，在治療過程中可能導致“混合感染”，如乙肝+丙肝、乙肝+丁、乙肝+甲肝，或乙肝合並脂肪肝，有時因濫用藥物、飲酒等導致病情復雜、治療難度加大，並非抗病毒藥物的過錯。分析查找失敗原因，采取措施，還是會達到療效的。
在應用抗HBV藥物的過程中，需要多方面的仔細觀察和分析。抗HBV藥物不是“靈丹妙藥”，其他藥物如抗肝纖維化、調節免疫功能的輔助藥物等也是非常必要的。乙肝治療失敗不能否定抗病毒藥物，大家也不要要求抗病毒藥物。自乙型肝炎治療學發展以來，最大的進步是建立了基於抗病毒的綜合治療策略。不去抗病毒，就回去，幾百萬乙肝患者無所適從。當然，科學家們早就意識到抗病毒藥物的短缺，現在他們正在深入研究和開發更有效的抗病毒藥物。應該說前景是樂觀的。