1、每日按罰款數額的百分之三處以罰款；
2、有財產被查封、扣押的，可以依照法律規定，將查封、扣押的財產拍賣或者將凍結的存款劃撥抵繳罰款；
3、申請人民法院強制執行。
藥監部門的罰款是否為5萬要根據藥品的價值確定，具體如下：
1、未取得《藥品生產許可證》、《藥品經營許可證》或者《醫療機構制劑許可證》生產、銷售藥品的，責令停業整頓，沒收違法生產、銷售的藥品和違法所得，並處違法生產、銷售的藥品（包括已售出和未售出的藥品，下同。）)貨值金額十五倍以上三十倍以下的罰款；貨值金額不足十萬元的，按十萬元計算。
2、生產、銷售不合格藥品的，沒收違法生產、銷售的藥品和違法所得，並處違法生產、銷售藥品貨值金額十倍以上二十倍以下的罰款；違法生產、批發藥品貨值金額不足10萬元的，按照10萬元計算，違法零售藥品貨值金額不足1萬元的，按照1萬元計算；情節嚴重的，責令停產停業整頓，直至吊銷藥品批準證明文件、藥品生產許可證、藥品經營許可證或者醫療機構制劑許可證。生產、銷售不符合藥品標準的中藥飲片，尚不影響安全和療效的，責令限期改正，給予警告；可以並處10萬元以上50萬元以下的罰款。
3、生產、銷售假藥或者生產、銷售劣藥，情節嚴重的，對法定代表人、主要負責人、直接負責的主管人員和其他責任人員，沒收違法行為發生期間本單位所得、並處所得收入百分之三十以上三倍以下的罰款，終身不得從事藥品生產、經營活動，可以並處由公安機關處五日以上十五日以下拘留。
法律依據：中華人民共和國藥品管理法》第壹百壹十五條
未取得《藥品生產許可證》、《藥品經營許可證》或者《醫療機構制劑許可證》生產、銷售藥品的，責令關閉、沒收違法生產、銷售的藥品和違法所得，並處違法生產、銷售藥品貨值金額（包括已銷售和未銷售的藥品，下同）十五倍的罰款，可以並處五日以上十五日以下拘留。下同）生產、銷售的藥品（含已售出和未售出的藥品，下同）貨值金額十五倍以上三十倍以下的罰款；貨值金額不足十萬元的，按十萬元計算。