辦公室
職責：綜合協調和督促檢查局機關的行政事務工作；承辦文秘、信息、公務、機要、保密、保衛、檔案、信訪、外事接待等日常政務工作；承擔信息化建設和統計管理工作；負責局機關後勤保障、資產管理、財務管理、內部審計等工作；監督指導直屬單位國有資產和財務管理；組織擬訂本系統基本建設和裝備設施規劃。
組織人事處
職責：協助局黨委負責全市食品藥品監督管理系統幹部管理及領導班子建設工作；負責人事、機構編制和勞動工資、教育培訓工作；承辦出訪報批及境外智力引進工作；負責執業藥師註冊、管理，組織實施醫藥專業技術職務評審和從業人員職業資格準入制度；負責局機關及派出機構離退休人員管理和服務工作；組織協調、指導系統基層建設有關工作。
政策法規處
職責：受委托起草有關藥品監督管理的地方性法規和規章草案；受委托會同有關部門擬訂食品、保健品、化妝品安全管理的地方性法規、規章草案；擬定綜合監督政策；組織開展食品藥品監督管理法律、法規的宣傳教育和監督實施；承辦規範性文件審核、行政處罰案件審核、行政復議、行政訴訟應訴工作，主持行政處罰行政許可聽證，受理相對人不服投訴；負責行政執法監督工作；負責本系統食品藥品行政執法證件辦理；承擔對縣（市）、區食品藥品監督管理機構規範性文件和重大行政處罰案件的審查備案；組織調查研究、規範行政許可和政務公開工作。
食品安全協調監察處
職責：組織有關部門擬訂食品安全管理的工作規劃並監督實施；依法行使食品安全管理的綜合監督職責，組織協調有關部門承擔的食品安全管理工作；綜合協調食品安全的檢測與評價工作；會同有關部門擬定食品安全信息的分析、預測及發布辦法；承擔研究、協調食品安全統壹標準的有關工作；協調有關部門建立健全食品安全事故報告系統，組織開展對重大事故的查處；協調開展食品安全專項執法監督檢查活動，配合有關部門開展應急救援工作；組織擬訂食品安全重大技術監督方法、手段的科研規劃並監督實施。承辦寧波市食品安全委員會辦公室日常工作。
保健食品化妝品監管處
職責：貫徹執行國家、省、市有關保健品、化妝品監管工作的法律、法規和規章；擬定保健品、化妝品綜合監督政策、工作規劃；依法行使保健品、化妝品安全管理的綜合監督職責，組織協調有關部門承擔的保健品、化妝品安全管理工作；協調開展保健品、化妝品安全專項執法監督活動；貫徹執行國家保健品市場準入標準；監督實施保健品生產質量管理規範；審查保健食品廣告；依法承擔保健品許可的相關工作。
藥品安全監管註冊處
職責：監督實施藥品的法定標準；組織實施藥品分類管理制度；監督實施藥品非臨床研究質量、臨床試驗質量、藥品生產質量、中藥飲片質量、醫療單位制劑質量的管理規範；負責藥物非臨床研究機構和藥物臨床試驗基地資格認證申請的初審；負責受理新藥、仿制藥品、中藥保護品種的申報與轉報；監管新藥研究機構；監管麻醉藥品、精神藥品、醫療用毒性藥品、戒毒藥品、放射性藥品、醫療單位制劑、診斷試劑、醫藥包裝用材料和容器；受委托承辦藥品生產企業、醫療單位制劑室開辦條件的現場審查工作；監督實施藥品不良反應監測制度；指導藥品檢驗機構的業務工作；履行《藥品進口管理辦法》規定的職責，負責寧波口岸藥品進口備案工作。
藥品流通監管處
職責：貫徹實施國家藥品流通法律、法規、規章和地方性藥品流通監督管理法規、規章；監督實施處方藥、非處方藥和中藥材、中藥飲片的購銷法規及藥品經營質量管理規範；依法核發藥品零售連鎖企業、藥品零售企業（藥品零售連鎖企業門店）的《經營許可證》；受委托承辦藥品批發企業的現場驗收工作，檢查藥品廣告；監管城鄉集貿市場中藥材交易及藥品生產經營企業在轄區內設立的辦事機構。
醫療器械監管處
職責：監督實施醫療器械、體外診斷試劑、醫用生物材料、衛生材料產品的法定標準和產品分類管理目錄；核發第壹類醫療器械產品註冊證；監督實施註冊產品標準；負責第壹類醫療器械生產、經營企業的登記，受委托承辦第二、三類醫療器械生產、經營企業許可證的審核報批及開辦條件的現場審核工作；監督實施醫療器械生產質量管理規範，受委托實施醫療器械質量體系考核和產品安全認證工作；監督檢查醫療器械廣告；負責醫療器械不良事件監測工作；監管醫療器械生產、經營企業在所轄區域內設立的辦事機構；指導醫療器械檢測機構的業務工作。