離開黑木崖，經過壹座小橋，來到壹塊新地圖。因天色已晚，且盈盈重傷在身，兩人決定找家客棧歇息。正好不遠處有壹家雲來客棧，兩人便進得客棧，訂了房間。在休息的晚上，令狐沖夢見了恩師風清揚。老人家向令狐沖詳細講述了劍宗對敵時的策略，也就是介紹了本遊戲的戰鬥系統。經過壹夜的休息，兩人正要繼續趕路，卻在門口遇到了嵩山派的大陰陽手樂厚。這無恥之徒聽聞令狐沖被逐出師門，竟想落井下石，消滅令狐沖。豈能容這等小人囂張，令狐沖提劍而上。這是遊戲的第二場情節戰，敵人有三個人，且樂厚還是有些能耐的，但仍是敵不過令狐沖。卻不想這廝戰敗之後竟令下人縱火燒店。四周壹下子陷入火海，正門又被堵，令任兩人只得另找出路。先在壹樓東北角的屋內找到壹把斧子，然後到樓上，在最西邊的房間內發生情節。這裏出現遊戲的第壹個小遊戲--斧子砍窗戶。遊戲的方法大體如下：首先4扇窗子中將有壹扇是發光的，對應左上的四色槽，讓光標停在對應窗戶的槽內。而後在右邊的光標和右邊槽內刻度線重合時點中，左下的損耗槽就會上升，時限之內損耗槽到頭這個小遊戲就完成了，難度可是不低哦，不過還是難不倒我們令狐大俠的，成功劈開窗戶後，兩人跳出客棧，躲過了壹劫。 離開焚毀的客棧，兩人繼續前往恒山。往地圖的北方走，就會到達恒山腳下。壹進恒山，入口處遇到壹小販，可以考慮在這裏買些藥品。以後這樣的商人還有不少，且有賣武功秘笈的，故玩家需要隨時留意壹下。壹直往地圖的坐上走便可到達恒山本院。進得大廳，見到了定閑、定逸、定靜幾位師太。兩人說明了欲求靈藥治病的來意，聽過之後定閑師太本是同意，但有人堅決反對，稱盈盈為魔教中人，正邪勢不兩立。爭執中，盈盈傷發昏了過去。人命關天，定閑決定救人為先，也氣走了壹直反對的定逸。商議妥當，兩人正要往廂房歇息，卻突然有人來報魔教來襲，定靜遇險。眾人立刻出去迎戰。在戰鬥之中，令狐沖發現對方使的是嵩山派的武功，而並非真正魔教中人。將其打敗，剝下偽裝後，發現居然又是樂厚這個無恥之徒。原來嵩山掌門左冷禪企圖吞並五派，建立五嶽劍派，而恒山掌門定閑深明大義，不願五嶽合並，故而招來嵩山派的報復。最後定閑放走了樂厚，但是定靜師太卻不幸逝世。 了卻定靜後事，定閑師太開始救治盈盈。經過壹番看察，師太說要想醫好盈盈，只有天香斷續膏還不夠，還要尋四味聖藥：延年草、金桐樹之葉、紫花地丁、千年辛夷。正巧這四味藥在藥山上就可以采到，令狐沖便決定前往藥山。不過去藥山之前不要忘了到各個屋子搜羅壹番，其中有重要的《移形換位》秘笈，對情節發展必不可少。在恒山通元道的西北方向可以找到藥山入口。藥山是遊戲的第壹個迷宮，這裏就要開始使用角色的技能了。技能系統是笑傲江湖的壹大賣點。通過菜單中的書冊選項，對武功秘笈進行研讀，而後還需要通過戰鬥積累經驗，才能讓角色學會各種各樣的技能，最後還要應用這些技能打開迷宮之中的各種機關。本迷宮需要的是輕功和潛水。首先要通過《移形換位》秘笈練習輕功。輕功的作用是跳過懸崖，輕功級別越高就可以跳過越高的懸崖。當令狐沖練成輕功2級之後，就可到藥山二層跳過壹個2級懸崖拿到《龜息大法》書冊，通過這本書冊的技能可以讓令狐沖潛入水中。為了完全走通藥山拿到四聖藥，需要龜息2級的技能，所以大家還是繼續辛苦練功吧。等到主角可以完全把握龜息2級的功夫之後，就可以細細的探索藥山了，其中還需要到三層拿到斧子再到右上角的大樹旁使用，這樣就可以集齊四聖藥。
集齊四聖藥後，回恒山本院，師太便開始為盈盈醫治。待盈盈醒轉後，聽聞嵩山派竟喬裝魔教進行報復，氣憤異常。經過此番波折，盈盈希望先回黑木崖看望父親任我行，而令狐沖也要前往少林與兩位師太會合，聲討左冷禪。兩人決定，先往少林，再回黑木崖。 告別恒山，通過下邊的橋，來到下壹塊地圖，少林寺在地圖的右上方。進得少林，前往別院，在壹房間內竟發現定閑、定逸兩位師太倒在地上,明顯已經中人暗算，生命垂危。為了恒山派不致陷於左冷禪的陰謀，定閑師太毅然決定讓令狐沖擔當恒山派下任掌門人。令狐沖本想推托，但見兩位師太臨死相囑，只得接下。哀悼兩位師太後，令狐沖先送盈盈回黑木崖。到達黑木崖，正巧在橋旁遇到任我行。任我行很是看重令狐沖的才能，故想勸其入教。由於有盈盈這壹層關系，故令狐沖並不想與任我行有所沖突，便以受兩位師太托付掌門之職，並要為她們安排後事為由，告知任我行需要馬上出發。聽到此言，任我行也不好挽留。分別時，盈盈要令狐沖前往苗區野店看望黃河的老頭子。離黑木崖不遠就可到達野店。壹進野店，竟然遇到儀琳。原來，師太傳掌門之位給令狐沖之事，恒山弟子已由衡山掌門莫大先生口中得知。為迎接新掌門，恒山弟子兵分幾路前來尋找。在野店稍作休息，便可前往少林。休息時與儀琳交談，可知恒山無色庵前蓮花池中有生觀音蓮，可采來作藥材。
來到少林寺，得知兩位師太已被火化。帶著兩位師太的骨灰，令狐沖回到恒山。在恒山派眾弟子面前，令狐沖答應領接掌門之位，但要求只做掌門師兄，而不做掌門師伯，意與眾人平輩相稱。此後，大家商議掌門登基之事，定為二月十六。商議之後，令狐沖認為既然做了恒山掌門，對恒山派武功至少應有所了解，便請眾師兄妹指教。見令狐沖有此抱負，眾人頗感欣慰，便決定讓令狐沖前往練功步道修習劍法。從恒山本院西側可上練功步道。這裏註意，此迷宮敵人較強，且有不少關卡，要小心為上。練功步道並不難走，但要與四組恒山弟子切磋。與最後的儀清、儀和過招後，便可回掌門住所休息。選休息選項，令狐沖的第壹段情節便告壹段落了。
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壹上來，鏡頭轉向藍鳳凰。藍鳳凰仰慕令狐沖的英雄瀟灑，但卻只能獨坐長嘆。此時的她，已當上五仙教教主，但為正式接任，還要經過兩大考驗。
出了紫雲寨，向東過橋，就能夠從紫雲寨附近來到聖地附近。進入聖地以後，面對的是壹條彎曲的山道，盡頭處有壹個山洞。這大概就是蠱獸的藏身所在了。進入山洞，走到最裏邊，正在奇怪所謂蠱獸仍未現身之時，伴隨著壹陣山搖地動的怪異的吼聲，壹只怪獸出現了！這就是被歷代五仙教教主馴服作為寵物的蠱獸了。在呼哧呼哧的叫聲中，藍鳳凰順利擊倒了蠱獸，將他變為了自己的寵物。自此以後，藍鳳凰多了壹個戰鬥夥伴。山洞的盡頭就是五仙教的聖地，現在似乎還不是去的時候，於是藍鳳凰就帶著蠱獸回紫雲寨。 進到寨口，梟長老早已在外迎候，看見教主和蠱獸壹同歸來，深感欣慰。與此同時，藍鳳凰的兩位老友--祖千秋和老頭子前來拜訪。原來他們也收到了令狐沖二月十六接任恒山掌門人壹事，正想相約上恒山見證這壹慶典。聽到這壹消息，藍鳳凰心中對令狐沖的思念再次被點燃，當即決定前往恒山。
但是剛壹出寨門就被梟長老攔住，希望她以大局為重，先練成心蠱，成為名副其實的教主，以平息教眾的反叛之心。原以為會有壹場唇舌大戰，沒想到在藍鳳凰道出了她的心思之後，梟長老卻默默的讓到了壹邊，只叮囑說早點兒回來。 早先與寨中人對話中得知，碧水寨與外界有商貿往來，看來是通往外界的唯壹出路。進入碧水寨，迎接她的是壹個滿身綠色的人，長的像癩蛤蟆，而他的名字就叫--綠蛤蟆！（汗……）原來他是綠水寨的寨主，正設宴準備款待藍鳳凰，顯然是沒安好心，言語中流露出反叛情緒。藍鳳凰自然不會上當，以趕路為由，謝絕了邀請，再加上蠱獸的壹聲大吼，嚇走了心懷不軌的壹群人，藍鳳凰也得以成功脫身。
出得碧水寨，就是熟悉的"黑木崖附近"的場景，接著過橋，到恒山，壹路上相安無事。
話鋒壹轉，回到令狐沖這邊。令狐沖正與儀琳在房中商量接任大典事宜，不戒大師突然闖入，還說要加入恒山派，令狐沖深感不戒做事之豪放不羈，果真是"不戒"。
轉眼間，接任大典開始，日月神教、少林、五當都派人來賀，唯獨沒有五嶽劍派的人。見到不少故友，令狐沖感慨萬分，與各人壹壹聊天敘舊。談笑間，不素之客突然來訪。原來還是是嵩山派的樂厚，手舉五嶽令旗，口傳左冷禪號令，阻止令狐沖接任恒山掌門人。
雙方正在爭執之時，任盈盈來到了恒山，令狐沖喜出望外。任盈盈壹到樂厚身邊，便出其不意地奪走了他手中的五嶽令旗。樂厚惱羞成怒，向任盈盈攻來。說時遲那時快，令狐沖長劍出鞘，護在了任盈盈身前，又壹場惡戰在所難免。 樂厚不愧為嵩山"太陰陽手"，招招傷血極多，要沒有壹點修為（就是等級啦），恐怕令狐沖就得血濺恒山了。要對付他，唯有以靜制動，待到limit槽蓄滿，後發而先至，壹招破劍式就讓樂厚有的受了。
令狐沖與樂厚交戰正酣之時，任盈盈偷偷將令旗偷換成了五仙教的五毒旗；待到樂厚戰敗，任盈盈又用這面旗幟奚落了樂厚了壹陣，還帶領手下壹同加入了恒山派。樂厚只得灰溜溜的離開了無色庵，臨走時丟下了幾句話，說五嶽劍派合並大會將於三月十五日在嵩山召開，讓各派掌門人前去參加。
少林方證大師與武當沖虛道長有要事與令狐沖相商，相約前往懸空寺，於是讓藍鳳凰先去恒山別院休息。藍鳳凰心中頓感壹陣失落，但也只得如此。
前往別院途中，藍鳳凰竟又遇見了樂厚！原來這家夥並未下山，而是埋伏在恒山通元谷道上，相機而報奪旗之仇。這壹戰難度也不亞於剛才的令狐沖與樂厚之戰，幸好還有蠱獸相助，兩人（獸？）互相照應，擊退了樂厚，到達了恒山別院。
在別院，正與祖、老二人閑聊之時，忽然接到苗區飛鴿傳書，說苗區生變，五酋反叛，藍鳳凰只得迅速啟程趕回苗區，平定叛亂。
另壹方面，在懸空寺裏，方證與沖虛正與令狐沖商量五嶽合並的對策。原來五嶽合並只是左冷禪野心陰謀的第壹步，下壹步就會是魔教，還有少林與武當，直到稱霸武林。令狐沖聽到這裏，方知五嶽合並背後的巨大黑幕，趕緊向兩位前輩請教對策。方證與沖虛都覺得應該將計就計，促成五嶽合並，只不過要讓令狐沖奪得掌門之位。令狐沖雖覺不妥，但別無他法，便向兩位前輩表示盡力而為。
出了懸空寺，三人卻被日月神教前來賀喜的鮑大楚與上官雲率人包圍，以毒水暗器相威脅，"邀請"三人前往黑木崖"做客"，還要先砍下右手。正當危急之時，任盈盈奮不顧身的擋在了令狐沖身前，令鮑大楚不敢輕舉妄動；同時發動離間攻勢，說服上官雲服從她的命令。鮑大楚已經被孤立，只得孤註壹擲，不過被令狐沖與任盈盈聯手輕松擊敗。
恒山危機既解，令狐沖準備啟程赴嵩山三月十五大會。行前，先去無色庵向儀和辭行，這時候儀琳也出現並告訴了令狐沖嶽琳珊嫁給了林平之的消息。聽聞這個消息，令狐沖還是十分傷心，但眼下以大局為重，也顧不得這許多，還是離開恒山，與任盈盈先去少林寺拜訪方證大師，查找左冷禪殺害定逸定閑兩位師太的證據，再去嵩山參加五嶽合並大會。
二人到達了少林寺，卻被壹武僧告知方證大師正閉關修煉，不見來客。令狐沖請武僧轉告方證大師，是令狐沖來訪。豈料武僧竟不相信來人是令狐沖，令狐沖只得提議讓武僧考驗他。於是三道艱難的考題擺在了面前--木人巷、銅人陣和十八羅漢伏魔陣。
先闖木人巷。這裏比較簡單，對手是壹幫木人，迷宮也不復雜，任務是扳動所有的機關。這裏的寶箱中可以找到天經神書的秘笈，用於修煉氣力等級（這裏有的機關必須有壹定的氣力等級才能扳動）。在扳動了達摩堂、木人巷地下壹層的機關後，有壹塊黃色地板可以降到達摩堂地下2層，扳動另壹個機關，再回木人巷，有壹處地板可以上升，之後再扳動壹個機關，就可以成功通過這關考驗。 接著去羅漢堂，過銅人陣。進陣之前，武僧交待了任務：取得降龍伏虎兩尊佛像，然後敲響佛法鐘。進陣後，發現左右各有壹門，估計就是取得降龍伏虎像之處。但是剛走了幾步，就與壹幫銅人交手，獲勝後仍然被踢出大門。仔細回憶武僧的話，才想到他曾說過，只要牢記"阿彌陀佛"，就能破陣。剛才看見陣中地板上全是阿彌陀佛字樣，看來只要按著順序走就沒問題。不過這裏有18秒的時間限制，動作還是要快喲！（幸好時間在失敗後會重置^o^）拿到兩尊佛像後，走中間的門，可到後院，大殿前有兩個石臺用於放置兩尊佛像，之後中間的殿門可以開啟，進入後敲鐘，闖陣成功！
最後是十八羅漢伏魔陣。向外走，到大殿外，面對的是三大高手的挑戰。他們三人，左邊的善攻，右邊的善防，中間的則會給三人補充生命值。自然，應該合令狐沖、任盈盈二人之力，逐個擊破。第壹個當然是中間的，幹掉他以後，就不會再出現辛辛苦苦打掉敵人不少血，卻被壹次補回的情況。接著是左邊善攻者，最後右邊的就沒什麽問題了。
通過了三道難關，武僧終於相信來人就是令狐沖。他提到，此三陣五十年來無人能破。當令狐沖問道五十年前破此陣之人時，武僧答道是風清揚！此時方證大師也出關相見。當令狐沖問及定逸定閑兩位師太的遇害證據時，方證推翻了之前兇手是左冷禪的判斷。由於傷口只有針孔般大小，疑是葵花寶典或者辟邪劍法所為。壹種東方不敗未死的猜想浮上眾人的心頭。
對於嵩山三月十五大會，方證表示，本應率眾上山助威，無奈邊疆告急，朝廷命令少林弟子抵禦外敵入侵，助威之事，只得作罷。但他向令狐沖推薦了壹人，此人姓李名童，乃戚繼光舊部，抗倭英雄，現在江南福州開武館。如能得他相助，那麽必能事半功倍。於是令狐沖與任盈盈又開始了南下的旅程。
鏡頭再次轉到藍鳳凰。因為苗疆出現叛亂，所以需要匆匆趕回的藍教主將苗地的五大山寨壹壹收復。首先是碧水寨，登上閣樓，可在壹屋內發現壹機關。開動機關，可進入地下迷宮。此迷宮需要的個人技能主要是藍鳳凰的蛇索、耐毒和蠱獸的破山術。耐毒，也就是五仙教秘傳百毒齊解，是藍鳳凰本身就有的，只要提高等級就可應付迷宮中的毒霧。《蛇矢》可在地下迷宮的二層取得，習得後，便可放出蛇索過那些深坑了。另外壹提，此迷宮中遇敵機率頗低，但不得不靠練功來達到要求不可，所以會很讓玩家比較難過。在此各位可考慮讓壹個角色修練提高遇敵機率這種特技，或許會有所幫助。在此迷宮中，需要利用蛇索和破山術開動機關，到達地下，再從另壹個樓梯上去，就可見到碧水寨的寨主綠蛤蟆。此boss並無什麽特別之處。打敗他後，可得染血的令旗和綠蛤蟆疣。碧水寨的情節即告完成
碧水寨壹戰,揭開了平定苗疆的序幕,出寨就會發現與中土相連的橋已無法通行,,藍風凰和蠱獸唯壹可去的就是青竹寨,其他幾寨都不得要領。進入青竹寨,發現整個寨子可去的僅有壹處青竹樓,進樓七拐八拐,沿壹段梯子進入地道。在此地道有些地方通行需要收蠱和舉鼎能力，將蠱練到壹級之後,在地下壹層可收服蠱物,並打開前往下層的機關。利用蠱獸舉起石頭朝未開啟的橋砸去,可以開啟放出橋面的機關.壹直如此壹路下到地下4層,經過復雜的搬石頭過程，放出兩座橋。過橋後向左看可以發現壹比較隱蔽的機關，按下去發現前方的門升起，過了門回到樓內，進入壹道原來不開的暗門，和青竹寨的寨主青竹絲對決，將其擊敗之後青竹絲和藍鳳凰兩姐妹重敘舊情，言歸於好。青竹寨亦告收復。
回到紫雲寨，在自己房間門口碰到青竹絲，此處可接壹支線任務可在將來回通元谷時幫她收回烏冠金蛇。接下就輪到黑巢寨，寨主正是藍鳳凰的繼母黑蜘蛛，對教主之位壹直懷有野心，這回又不知道在醞釀著什麽陰謀。進入寨中，卻發現空無壹人，來到地下迷宮，需要玩家不斷用蠱獸擊破擋路巖石，在第三層壹處禁閉的柵欄門那壹邊有壹個寶箱，可以通過直接點擊寶箱得到通過此迷宮的必要能力--斬地（太誇張了，隔欄取物啊），練到壹級斬地之後在地面有裂縫的四方形出使用，可以到達壹個新的區域，再拿到操蠱書之書。學習壹級操蠱術之後即可在地下壹層過壹道原來不可過的橋，過橋開啟地下二層的門機關，下到二層後經過門打開門後的機關，發現房子裏多出壹道門來，進去發現原來黑蜘蛛正在裏面，又是壹場惡戰，打敗黑蜘蛛後，黑巢寨也告平定。
下壹站是赤足寨，壹進寨就發現敵人早已經等候多時了，寨主是壹彪形壯漢，見到藍鳳凰等不由分說派出手下出來迎戰，打敗這幫烏合之眾後寨主竟然派出壹群魔化的手下來！不過這些半人半妖看似恐怖，其實也不難打，擊敗之後，寨主見勢不妙，逃到寨裏不見了蹤影。赤足寨由許多散落的房子組成，中間的房子通往地下迷宮，最後的幾間房子不能直接走到，而需要通過穿越地下迷宮才能到達。其中許許多多房子都空無壹人，大唱空城計，誰知道搞什麽鬼。所幸迷宮並不復雜，其中並不需要學習什麽新鮮技能，註意地面上的石頭，每壹塊能舉起來的都可以開啟壹個機關，如此慢慢走遍整個地道，開啟了最後壹個機關後，可從後面壹間不能直接到達的房子出來，不過轉來轉去還是不見寨主的蹤跡。突然想起來原來進寨右邊幾間房子有點古怪，回來進入，發現開啟了壹扇暗門，進去和寨主對決。這個寨主十分的兇狠，玩家要特別小心他開始的三板斧，屬於對全體強力攻擊，只要玩家能夠扛住之後再加以反擊，穩紮穩打也可以消滅掉這個boss。
苗疆五寨的最後壹寨是黃沙寨，壹進去，滿眼的黃沙漫漫，只點綴著幾點綠草，壹幅荒涼的景象。黃沙寨寨主同樣親自出來迎敵，不過沒想到黃沙寨主色膽包天，竟想擄藍鳳凰做壓寨夫人，派了幾個小兵來送死，被藍鳳凰輕松的壹壹幹掉之後，看看見勢不妙，遁入寨中不見蹤影。黃沙寨地下迷宮是幾個迷宮中最龐大曲折的壹個，不過看起來雖然龐大，但由於不需什麽新加的特別技能，所以反而少走了很多回頭路，歷時並不算太長，個人感覺還比青竹寨，黑巢寨短壹些。中間有壹個需要註意的是壹處搬石頭，需連放三塊石頭在壹塊石板上即可開啟壹扇秘門繼續進行下去。在門裏開啟機關，村子中間的門打開，見到了黃沙寨寨主，這家夥還色心不死，嘴裏兀自的不幹不凈，見勢只有開戰，讓他永遠沈默。此人戰鬥方式也如其人壹樣，軟磨硬泡，不時加壹下血，壹加就能加上1000多點。只要有耐心，就不會出什麽岔子，順利戰勝。
五寨至此已全部平定，離成為教主。為了使苗疆避免再起風波，需要最後的壹步：心蠱試練了。再去聖地，原來來的時候不讓通過的門通通開啟，進入之後是壹個滿是壁畫、機關的古怪房間。按提示順序，乘坐並控制著軌道車分別按蠍子，蜈蚣，蛤蟆，蜘蛛，毒蛇的順序觸碰五幅不同圖案的石板，通往中心的門開啟。在中心地帶，將從五寨主處分別得到的五種信物按圖案放入五樣標記中去，心蠱終於顯現出來了，戰鬥隨即開始，心蠱為壹蟲身女人臉的怪物，似乎並不非常強大，戰勝也並非什麽難事。勝利後，藍鳳凰正在得意，心蠱突然變化成她暮思夜想的人--令狐沖的樣子，藍鳳凰正在迷惑中，不想變化出的令狐沖壹劍刺來！虧得蠱獸替主人擋下了這致命壹劍。隨即破除了心中魔障的藍鳳凰正式與心蠱展開了第二次的戰鬥。最後隨著心蠱變化的令狐沖消失，自己的心魔已被藍鳳凰自己粉碎。
回到紫雲寨，正待眾人慶賀，突然看見綠蛤蟆壹幅如喪考妣的樣子闖來。原來不知從哪裏來了大批日本武士大舉進攻苗寨，至今已經將碧水寨攻破。藍鳳凰臨變不慌，雖不知道對方來頭，仍鎮靜的下命令讓眾人帶婦孺逃避，自己留下來阻擊敵人。說時遲，那時快，敵人已經殺到紫雲寨門口，為首的正是壹名神秘武士，目中無人狀不可壹世。我中華大國豈能任小小倭寇為所欲為，特別是武士知道對手是五仙教主藍鳳凰之後，更要以脅迫藍鳳凰跟他走。事已至此更不必多言，兩邊動起手了壹番惡鬥將武士擊敗，出現壹神秘忍者將武士帶走。雖擋住了敵人的第壹波進攻，不過眼見敵人的大部隊源源而至，在眾人建議下，藍鳳凰等決定暫避風頭，保護聖地的任務自然責無旁貸的落到了教主身上。
藍鳳凰前腳剛到聖地，身後敵軍就源源殺來，為首正是敵主將，島左近勝猛。此人面貌威武，氣度不凡。交談之間得知他是日本已故去統治者--豐臣秀吉的忠實部下，隨著秀吉家被德川擊敗，島流落到中國，並欲與東方不敗聯手，借東方不敗的力量有朝壹日重振豐臣家的霸業。驚悉東方不敗還活著的消息之余，兩人戰做壹團。戰敗島左近只是擋了壹擋敵人的銳勢，眾人退入聖地內，並得知許多五仙教教眾被捉，形勢越發不利。島左近又率部追來，進壹步得知原來殺的東方不敗只是壹個影武者，兩人再次交手。再壹次擊敗島左近之後，突然倭寇有人來報糧草被燒，人質被救走，驚疑之余，島左近退走。回到本營才知道，原來是有人相助，分別是方丈對令狐沖提到過的原戚繼光手下抗倭大將李童，和當今日本幕府派來解決豐臣殘黨的女忍者服部彌香。謝過二人之後，談起壹路烽回路轉，開始對事件了前前後後有了大致的了解。大家都對東方不敗是否在人世驚疑不定，遂決心上黑木崖看個究竟。
眾人來到黑木崖，想告訴任教主東方不敗的陰謀，卻發現扶桑軍隊已先到壹步，攻占了黑木崖。為迎頭趕上，藍鳳凰告訴大家走進壹條秘道，可以直接可以潛入日月教的中心--承德殿。大家匆匆的通過地下宮殿，走出地道，卻赫然看見任教主已倒在了地上，擊倒他的正是眾人認為早已死去的東方不敗。事態危機，東方不敗武功又深不可測，眾人惟有躲起來等大軍退走。等到黑木崖成壹片死寂，眾人才坐定商議決定，由女忍者服部香彌去尋找令狐沖，而其他人先退回到紫雲寨暫避。
故事再次轉到令狐沖這邊，他們到了興化府找到了李童開的武館，但是不料武館已經被官府查封了，同時李童也正在被官府通緝。沒有辦法只好在城裏面瞎逛，令狐沖找到了七寶齋老板丟失的金龍雕像（在附近的屋頂上通過輕功上去取得），歸還後，千恩萬謝的老板給了大家壹封介紹信，之後在武器鋪遇到了伊賀忍者告訴了令狐沖黑木崖發生的事情，雖然事情緊急，但是鑒於五嶽劍派合並的大會就要召開了，所以令狐沖決心先去嵩山。
來到了嵩山，直奔封禪臺，遇到了嶽不群，他居然說可以考慮重新收令狐沖為徒，聞聽得這話，令狐沖不由的心有所動。而令狐沖代表恒山參加大會。任盈盈總覺得自己不適合參加就先離開了……於是令狐沖只好壹個人迎戰其他4大掌門，在先後擊敗了泰山，衡山掌門等諸位高手之後，下壹個對手正是華山掌門嶽不群，想起剛才師父的話，於是令狐沖故意輸給了嶽不群讓師父登上盟主的寶座。當嶽不群挾戰勝令狐沖之余威戰勝了嵩山掌門左冷禪之後，林平之卻站出來揭發嶽不群的各種醜行，嶽不群終於露出了自己的本來面目，於是令狐大俠只好再戰嶽不群，並壹鼓作氣擊敗了他，之後也就順理成章的成為了新五嶽劍派的盟主。這時藍鳳凰正好趕到，得知李童竟然是由方證大師養大的。 正在此時，東方不敗的大軍趕來，壹場惡戰在所難免。大家分配了壹下各自的任務，由令狐沖負責對付日軍中的鳥銃隊（打鳥的有點不可思議……）。出來走了不久就遇到了薄生哲兼和猿飛佐助帶領的鳥銃隊本隊，經過壹番苦戰，終於大獲全勝。之後眾人定下了"調虎離山"計策，決定趁東方不敗進攻京城的時候壹舉拿下黑木崖。
到了黑木崖之後，大夥經過商議決定分為兩路，由主角去進攻正門，李童和服部香彌則走秘道。令狐沖他們首先遇到的第壹個敵人就是已經交手過若幹次的島左近勝猛。而這次大戰終於動真格的了，在3個人的絕技面前，島左近終於倒下了，這次總算真正幹掉他了。而後進入雲龍道壹個大迷宮，此處壹定要練成令狐沖的氣力3級，在第二層有3條道路，每條的盡頭都有壹個開關，打開全部3個開關後，即可開啟最左邊那條道路的升降臺。之後眾人來到總壇，首先碰到了女忍者霧隱才藏，她的實力和島左近差不多，不過以眾人現在的實力戰勝她已經不在話下了。之後壹直向前，這條路直達2樓的總壇盡頭，用蠱獸舉起巨石，分別放在4個發光的地方，打開4條通道，4條通道分別通向壹個開關，全部打開後，2樓最後壹道門就會被打開，可以通過這道門到達承德殿廳堂，這裏有壹個擊落暗器的小遊戲，就是個射擊遊戲，很是有趣，難度也並不高，大家自己試試吧。
進了承德殿之後，終於見到了壹直掀起的武林腥風血雨的"東方不敗"，這時候眾人才驚訝的發現，這個東方不敗竟然是由林平之假扮的。原來林平之殺了嶽靈珊，並且和日本人勾結，假扮死去的東方不敗，企圖統治整個武林。最終之戰終於開始了，這是壹場異常艱苦的戰鬥，練過了"辟邪劍法"的林平之實力絕非泛泛，他的強力技可以壹次打掉超過2000的生命值。經過壹場翻天覆地的惡戰，林平之終於倒下了。
在和眾人道別之後，大家各自回到自己的故鄉：各派的高手回歸各自門派，日本武士完成人物回歸扶桑，令狐沖攜任盈盈遠走，藍鳳凰也帶著心中的些許遺憾（？）離開了中原。武林終於又恢復了正常的秩序