各種微生物都由蛋白質組成，加熱滅菌可以使蛋白質凝固從而達到殺死微生物的目的。加熱滅菌經濟有效，簡便易行，可分為幹熱滅菌和濕熱滅菌兩種。 1、火焰滅菌是直接利用火焰反微生物殺死的方法，它中適用於金屬制的工具，玻璃器皿口等物品的滅菌。
2、幹熱滅菌是利用熱空氣進行滅菌的方法。滅菌溫度140℃—160℃，時間2—3h，它只適用於金屬及玻璃器皿的滅菌。電熱幹燥箱是幹熱滅菌常用的設備。 1、高壓蒸汽滅菌 利用高溫高壓蒸汽滅菌，是壹種最有效、使用最廣泛的滅菌方法。蒸汽壓力與溫度成正比。高壓滅菌所采用的蒸汽壓力與時間，應根據具體物質而定。
高壓滅菌鍋的形成與規格較多，有立式、臥式、手提式，能源用電、蒸汽、煤等。
使用高壓蒸汽滅菌鍋應註意以下幾點：
①滅菌鍋內的冷空氣必須排盡；②滅菌鍋內的基質排列壹定要稀疏些。使蒸汽流運暢通；③滅菌時升壓和降壓要緩慢；④滅菌過程應註意保持棉塞幹燥。
2、常壓蒸汽滅菌法 這是利用自然壓力的蒸汽滅菌的方法。可用土蒸鍋，蒸蘢等滅菌。由於常壓，溫度較高壓的低得多，故滅菌時間要長。其優點是結構簡單、成本低、便於自制，適宜於家庭制種。 1、低溫消毒法（巴氏消毒法）壹些不耐高溫的食品，如牛奶、果子酒、醬油等，需要低溫消毒，加熱到60℃維持30min，即可殺死食品中的病原菌及多數細菌營養體。
蘑菇培養料的後發酵，就是采用巴氏消毒法，殺死有害於蘑菇的病蟲雜菌。
2、沸水消毒法 主要用於針筒等器材的消毒，將有關的器材置沸水中燒煮壹定時間，以殺死微生物的營養體。
3、化學藥劑消毒法 這是利用化學藥劑進行殺菌的方法。殺菌劑的種類及使用濃度：
①重金屬鹽類：所有的重金屬鹽類對微生物都有素害作用，如硝酸銀、氯化汞等。
②氧化劑：常用的氧化劑有高錳酸鉀、過氧化氫、漂白粉、漂白精等，常用的高錳酸鉀溶液濃度是0.1%，氯氣自來水清潔劑濃度為1ppm，漂白精濃度為400ppm。
③、有機化合物：甲醛（福爾馬林）5%甲醛溶液用於種子表面消毒，原液可用於接種箱、培養室、栽培室等空間消毒，熏蒸用量6—10ml/cm3。
新潔爾滅：0.25%新潔爾滅溶液可用作皮膚、種子消毒。
4、幹燥消毒利用幹燥使微生物失水，達到殺菌或抑菌的目的，稱為幹燥消毒。食物、藥品等經過適當幹燥，便可長時間保存，蘑菇幹片即是。
5、滲透壓消毒利用高滲透壓殺菌或抑菌的方法稱滲透壓消毒。在高滲溶液中，微生物細胞由於脫水，質壁分離，不能正常進行新陳代謝而死亡，鹽水蘑菇就是利用這壹原理制成。