2010年1-3月，我們在浙江、福建、北京、湖南和湖北等地的調研中發現，基本藥物零差價制度不僅沒有降低藥價、減輕患者藥費負擔，還扭曲了基層醫療機構的藥品購銷行為，使盛行於二、三級醫院的商業賄賂行為蔓延到基層醫療機構。
眾所周知，由於現有醫療體制存在的弊端，二三級醫院采購藥品時普遍存在返利和回扣現象，而且返利和回扣加在壹起往往占到藥品零售價的40-60%，所以二三級醫院的名義采購價（往往也是政府招標價）明顯高於藥企實際得到的采購價，中間的差額即為二三級醫院的返點、回扣及營銷費用。例如，壹個藥品的名義批發價是10元，藥企實際到手的采購價壹般不超過3元，剩下7元中大約有6元以返點和回扣的形式給了醫院、醫生及其他相關個人，1元作為營銷費用留在了批發環節。最後在銷售環節，二、三級醫院還可以合法加價15%，即以11.5元賣給消費者，具體如圖壹所示：
而二三級醫院之所以偏好以高批發價采購藥品，很大部分原因在於15%的加價率管制政策的實施，即醫院藥品的零售價格最高只能在采購價的基礎上增加15%。因此，為了增加利潤，醫院自然偏好采購高價藥。原來采購價3元的藥，醫院賣6元，賺3元。實行15%加價管制政策後，同樣的藥品，醫院加價0.45元，如果將采購價擡高到10元，同樣的藥品，醫院就可以加價1.5元，合法的利潤就增加了1.05元。此外，醫院和醫生再通過返點和回扣拿到6元的藥品收益。
在基本藥物制度實施以前，衛生院藥品銷售不受15%加價率管制政策約束，而是由衛生院按照市場情況自主確定零售價格，只要不超過國家最高零售價即可。零售價與采購價之間的差價歸衛生院所有，采購價越低，獲利也就越多。由於衛生院面臨著零售藥店和診所的競爭，其零售價格不能高出競爭對手太多。為了盈利，衛生院會竭盡全力壓低采購價，盡管加價率平均達到100%，但由於采購價很低，其零售價甚至還低於現在的政府招標中標價，更低於國家發改委規定的最高零售價。在這壹機制下，衛生院有很強的動力通過與供應商談判來降低藥品采購價，這種藥品價格形成機制是通過充分的市場競爭形成的，也是相對真實合理的價格。
因此，在推行基本藥物制度以前，衛生院采購藥品很少有返點和回扣現象，也基本沒有藥價虛高問題。而采購同壹藥品，二三級醫院的采購價（政府招標價）顯著高於衛生院的采購價，也是業內公開的秘密。上述例子中那個藥品，衛生院就以3.1元的采購價(含0.1元配送費)購入，然後加價100%，以6.2元價格賣給患者，具體如圖二所示。但由於二三級醫院和衛生院實行的是不同的藥品購銷和定價制度，兩者井水不犯河水，互不相幹。
然而，基本藥物制度的實行，將基層醫療機構納入到政府集中招標采購制度內，要求衛生院和二三級醫院按照統壹的政府招標價采購藥品。而在這壹制度下，衛生院就再無可能以此前較低的采購價買到藥品。
首先，藥企不可能會按照此前衛生院較低的采購價參與競標，因為其競標的藥品不僅針對衛生院，還供應給許多的二、三級醫院。壹個省份基本藥物中標價是公開信息，如果藥企以此前衛生院的實際采購價中標，則意味著在全國所有省份招標的中標價都要大致維持於這壹價格。但是以這壹價格中標，這些藥品就很難再進入二、三級醫院，因為在如此低的價格下，藥企沒有足夠的利潤空間向醫院提供返點和回扣，也無法讓醫院通過加價15%獲得盡可能高的加價收益。同時，為激勵衛生院采購中標藥品，藥企也必然會采取返點和回扣等營銷手段。但如果按照以前的實際批發價參加招標，藥企是沒有足夠的利潤空間進行返點和回扣的。
其次，零差價制度是壹種更為嚴格的加價率管制政策，它和15%的加價率管制政策存在同樣的弊端，即藥價越高越受醫療機構青睞。在此制度下，衛生院不能合法加價賺錢，但是它卻完全有能力通過索要返點和回扣的方式私下謀利。由於絕大多數基本藥物同壹品種中標企業有多家，衛生院擁有選擇權，從而擁有索要返利和回扣的能力，競標藥企也很清楚這壹點，所以在投標價格中必須預留返點和回扣空間。這壹藥品投標和購銷模式不過是此前公立醫院藥品購銷模式和政府集中招標采購模式的簡單復制，藥企輕車熟路，衛生院也早已耳濡目染，雙方完全是心有靈犀、壹拍即合。
因此，實施零差價制度後，到底采購哪家藥企的藥品，衛生院的主要考量因素是返點和回扣的高低。藥品質量基本不在衛生院考慮之內，因為政府集中招標已經遴選過質量。換句話說，只要選購的是中標藥品，即使出現質量問題承擔責任的也應該是招標機構而不是衛生院，況且衛生院及其醫生也沒有能力判斷藥品質量，尤其是此前沒有使用過的基本藥物。
最後，藥品的成本乃至批發價格與銷售量相關，醫療機構的采購量越大，供應商的平均成本越低，給出的批發價格就越低。但問題是省級集中招標只能確定中標價格，不能確定壹個省份的采購量。因此，在無法判斷銷售量的情況下，制藥企業只能保守地報出較高的競標價格，避免出現中標價偏低、采購量小所導致的供貨虧損的尷尬境地。
總結來看，上述情況的出現意味著基本藥物制度事實上形同虛設，老百姓的藥費負擔也難以下降。