藥檢所是藥監局下屬的二級機構，作為藥監局的技術支撐機構，醫療器械檢測、食品藥品安全監督檢查等。
中華人民***和國國家藥品監督管理局是國家市場監督管理總局管理的國家局，為副部級。
2、職責不同
藥監局負責藥品（含中藥、民族藥，下同）、醫療器械和化妝品安全監督管理。擬訂監督管理政策規劃，組織起草法律法規草案，擬訂部門規章，並監督實施。研究擬訂鼓勵藥品、醫療器械和化妝品新技術新產品的管理與服務政策。
藥檢所承擔本轄區內藥品的監督檢驗、註冊檢驗、強制檢驗、復驗和委托檢驗等工作。
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3、工作不同
藥檢所開展與藥品檢驗、藥品質量等有關的科研工作，並在上級藥品檢驗機構的指導下開展藥品快速檢驗工作。
藥監局負責藥品、醫療器械和化妝品上市後風險管理。組織開展藥品不良反應、醫療器械不良事件和化妝品不良反應的監測、評價和處置工作。依法承擔藥品、醫療器械和化妝品安全應急管理工作。
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