農藥混合應用時，應留意下列壹些難題：
1、凡碰到堿性物質溶解或無效的農藥，不可以與偏堿藥品混合。如1605、樂果、殺蟲雙等甲基對硫磷滅蟲劑全是帶中性化或微酸堿性的農藥，在偏堿液中迅速溶解無效。因此這種農藥不可以與偏堿的農藥混用，也無法與其他堿性物質如氫氧化鈉、
石灰粉、香皂、石堿等混用。不然會減少藥力，乃至根本無效，並造成藥害但敵百蟲雖屬酸堿性農藥，因具備獨特物理性質，與壹定量的香皂或堿混合同，能迅速轉換為觸殺功效較強的殺蟲雙，與此同時藥力期減短。殺菌劑中的代森鋅、代森銨等遇到強偏堿農藥也會溶解無效，因此不可以與氧化樂果、農用鏈黴素等混用；
2、混合後會發生化學變化能造成藥害的農藥或化肥，不可以混用。在無機物農藥中，普遍到二種或兩類之上的農藥和化肥混合後，因為相互之間中間發生化學變化而對農作物造成藥害。
比如，氧化樂果和農用鏈黴素混合，轉化成多硫化鉛。毀壞了農用鏈黴素和氧化樂果，提升了銅的溶解量，產生比較嚴重劑量。因此 ，這2種藥物不可以混用，乃至不可以持續應用(噴完農用鏈黴素的功效，必須間隔30天上下才可以再噴氧化樂果)；
3、混合後發生溶劑毀壞狀況不但會減少藥力，並且易使用物產生藥害，也不適合混用。
4.各種各樣可濕性粉劑與其他藥物及化肥混合後，假如造成絮結很多沈積狀況，也會減少藥力，並可使農作物造成藥害；
5、農藥與農藥，農藥與有機肥的有效混用，對農作物害蟲防治蜍物生長發育都是有顯著實際效果，但混用壹般以2個種類為宜，必需時還可以三個，再多就會造成不良影響，就會增加藥量，不僅消耗農藥，擴大成本費，並且會加快病原菌、蟲害耐藥性的產生。與此同時，也很容易造成藥害；
6、微生物菌種滅蟲劑，微生物菌種殺菌劑，微生物菌種的滅草劑不可以與有機化學殺菌劑農藥混用。假如混用，有機化學藥物就會殺掉這種微生物菌種藥物的微生物菌種而喪屍藥力。
農藥混配主要是為了更好地省功和提質增效。常見的有滅蟲劑與殺菌劑混用，除蟲、殺蟎劑混用，或殺蟎劑與殺菌劑混用，農藥、適當的速效性有機肥混用。
因為各種各樣農藥的物理性質和功能特性不壹樣，有的農藥混用後可具有提質增效功效，有的農藥混用後則減效，乃至發生藥害因而，農藥混用前，務必開展實驗。