本條例所稱水利工程，是指農田灌溉、防洪排澇、小水電、農村飲水、引水(供)等各類工程和設施，包括水庫、渠道、管道、堤防、泵站、小型水電站、大壩、機電井、塘壩等。
大中型水力發電、城市給排水、航運、汙水處理和尾礦壩工程的管理，依照有關法律法規的規定執行。第三條縣級以上人民政府應當加強對水利工程管理和保護工作的領導，建立以公共財政為主體的投入機制，加大對水利工程管理的投入。第四條縣級以上人民政府水行政主管部門負責本行政區域內水利工程的監督管理工作。
縣級以上人民政府發展改革、財政、自然資源、農業農村、生態環境等行政主管部門應當按照各自職責，做好水利工程管理工作。
鄉鎮人民政府和街道辦事處應當協助上級人民政府及其有關部門做好水利工程的管理和保護工作。
水利工程的所有者、管理者或者經營者應當按照規定或者協議，負責水利工程的日常運行、維護和安全管理。第五條鼓勵和支持單位和個人投資管護水利工程。引導農村集體經濟組織、農民用水合作組織、農民等社會力量依法建設、運營和維護小型水利工程。第二章工程管理第六條水利工程竣工並確定水利工程管理單位後，應當按照水利建設工程驗收程序組織竣工驗收，經驗收合格後，方可交付管理使用。第七條水利工程管理單位應當按照檔案管理的有關規定，收集、整理和保存相關工程資料和電子圖文，建立工程檔案。
水利工程竣工驗收後，建設單位應當向水利工程管理單位移交完整的工程建設檔案。第八條水利工程應當產權清晰。縣級以上人民政府或者其授權的行政主管部門依法對水利工程的所有權和使用權進行登記，頒發權屬證書。第九條小型水利工程所有權、使用權變更登記後，水利工程管理單位應當及時報水行政主管部門備案。第十條水利工程應當按照下列規定進行監督管理:
(壹)大型(1)水庫和重大調水工程由省級人民政府水行政主管部門負責；
(二)大(2)型水庫等大型水利工程由州(市)人民政府水行政主管部門負責；
(三)中小型水利工程由縣(市、區)人民政府水行政主管部門負責；
(四)跨行政區域的水利工程，由上壹級水行政主管部門或者其指定的水行政主管部門負責。第十壹條國家機關、企事業單位、社會團體、農村集體經濟組織、農民用水合作組織或者個人所有的水利工程，由其自行維護管理，並依法接受當地水行政主管部門的監督管理。第十二條大中型水利工程和小型水庫應當確定工程管理單位。其中，政府投資的大中型水利工程和小型水庫，由縣級以上人民政府按照管理權限確定。第十三條縣級以上水行政主管部門在水利工程監督管理中履行下列職責:
(壹)宣傳和貫徹有關法律法規；
(二)監督和指導下級水行政主管部門或者水利工程管理單位管理水利工程；
(三)建立水利工程監督檢查和評估制度，定期對水利工程的日常管理和安全運行進行監督檢查；
(四)法律法規規定的其他職責。第十四條水利工程管理單位應當履行下列職責:
(壹)有關法律法規的執行情況；
(二)制定管理規則和操作規程，編制應急預案，開展工程安全檢查、監測和資料匯編；
(三)計劃供水、水費；
(四)做好蓄水、調度、防汛抗旱工作；
(五)維護水利工程，維持工程設施的正常運行；
(六)法律法規規定的其他職責。第十五條水利工程管理單位負責人和技術人員應當具備相應的管理能力和專業技能，並接受縣級以上人民政府水行政主管部門的業務指導和培訓。第三章運行維護第十六條政府投資建設的大中型水利工程和小型水庫，由縣級以上人民政府按照工程管理權限確定的單位運行維護，鼓勵社會力量通過政府購買服務的方式參與運行維護。
政府投資或者政府補助的小型水庫以外的小型水利工程，交由受益的農村集體經濟組織、農民用水合作組織和農民使用管理，由受益者或者其委托的單位和個人負責運行維護。
農村集體經濟組織或者其委托的單位和個人投資建設的水利工程，由農村集體經濟組織負責運行和維護。
個人或者其他社會力量投資建設的水利工程，由投資者或者其委托的單位和個人運營維護。
政府和社會力量共同投資建設的水利工程，投資者應當根據協議確定運行維護主體。
農村土地承包經營權依法流轉的，應當同時明確土地上水利工程的運行維護主體。