患者需攜帶合作醫療證、機打門診費發票、藥品清單、診斷證明到合作管理中心填寫特殊病種大額門診申請審批表，然後等待鄉鎮所在地衛生院電話通知，領取報銷款。
縣內住院補償流程
患者入院（提供合作醫療證和身份證）看病（新農合辦工作人員核對合作醫療證和身份證），出院到專門窗口領取補償款。
門診補償流程
患者看病（提供合作醫療證）開藥（患者在門診專用處方及補償登記表上簽字）支付自付部分藥費。
1、參合患者轉往區外醫院就醫，必須由縣級定點醫療機構（縣醫院、中醫院、支氣管炎哮喘病醫院、江心屯兒童醫院）出具轉診轉院審批表，經主管院長簽字蓋章後到合作醫療管理中心審批後方可轉院（急危重癥患者可在7個工作日內到合作醫療管理中心補辦轉診審批手續），未經審批的費用不予報銷。未經審批的費用不予報銷。
2、參合患者轉入的醫院必須是域外三級以上公立醫院。
3、參保人員從區外醫院出院後，須向醫院索要以下資料：住院收據、住院費用清單、診斷證明、病歷復印件（以上四項均需加蓋醫療單位公章）。
4.住院患者申請報銷時，應攜帶：合作醫療證、戶口簿、轉診轉院審批表（本表）、縣內中國農業銀行活期存折賬戶（註明患者姓名或與患者在同壹合作醫療證上的人員姓名）及相應的3分票據，到戶口所在鄉鎮中心醫院合作醫療辦公室申請報銷住院費用，並填寫在外地醫院住院費用報銷登記表。登記表。
5.辦事處通知患者於 15 日到合作醫療中心 ----19 預約簽表。
臨時出國人員境外就醫報銷流程
1.參保患者接受治療的醫院必須是境外公立醫院。自住院起至出院前，應在7個工作日內到合作醫療管理中心辦理審批手續。
2、參合患者從外地醫院出院後，必須向醫院索要以下資料：住院收據、住院費用清單、診斷治療情況等。3.參合患者住院申請報銷時，須攜帶本人《合作醫療證》、戶口本、臨時外出人員就醫審批表（本表）、中國農業銀行在我縣的活期存折賬戶（使用患者姓名或與患者同壹《合作醫療證》的人員姓名）、兩分。相應票據，到戶口所在地鄉鎮中心衛生院合作醫療辦公室申請報銷，並填寫《異地就醫報銷登記表》。
4、辦公室通知患者於15日到合作醫療中心----19 預約簽單。
法律依據："中華人民****、國家社會保險法》第二條 國家建立基本養老保險、基本醫療保險、工傷保險、失業保險、生育保險等社會保險制度，保障公民在年老、疾病、工傷、失業、生育等情況下，依法從國家和社會獲得物質幫助的權利。