在生產經營中，企業視產品質量和品牌為生命，嚴把中藥材進貨關，派專人進駐中藥材集散地采購原料，按出口標準高價采購優質原料，使萬通藥業成為亳州中藥材批發市場上被譽為最挑剔的兩家中藥企業之壹（另壹家是同仁堂）。同時，以產品零缺陷為質量管理目標，要求生產人員嚴格按照GMP標準操作，加強產品質量監督檢查，使萬通藥業的藥品質量經得起市場的考驗，贏得了消費者的青睞。以萬通筋骨片為例，在全國126個同類藥品中，只有萬通筋骨片的單品種銷量最高，位居片劑、膠囊劑行業之首。近日，由《健康報》、《中國健康雜誌》、《健康文摘》、《大眾健康雜誌》聯合主辦的首屆百姓安全用藥調查活動在北京舉行，企業生產的萬通筋骨片被國家級關註百姓安全用藥組委會評為2004年度百姓放心藥。企業生產的萬通筋骨片、建蓮膠囊、景芝安神口服液被國家五部委認證為國家重點新產品和省名牌產品，並列入國家火炬計劃；建蓮膠囊和萬通筋骨片榮獲泰國世界杯全球科技金獎、中國醫藥博覽會金獎、中國同行業十大品牌和春城消費者滿意第壹品牌等獎項；消糜栓被國家食品藥品監督管理局認定為國家中藥保護品種。國家食品藥品監督管理局認定為國家中藥保護品種。
在產品開發工作中，公司堅持開發壹代、儲備壹代、發展壹代的方針，形成了產品開發的良性循環。近期，公司重點開發了兩個新品種，其中口服液有望在 2006 年獲得產品註冊批件。在開發新品種的同時，積極改進生產工藝，試制成功了包膜衣新技術，填補了企業空白。