殼椎亞綱：古老而特化的早期爬行動物，僅生存於石炭紀和二疊紀。
滑體亞綱：叢三疊紀延續到現代，包括所有現存的兩棲動物，分為無足目、有尾目和無尾目。
無足目Apoda（蚓螈目Gymnophiona）：無足而形態習性均似蚯蚓的兩棲動物，可能歷史悠久，但是可靠的化石僅為新生代，現代分布於澳洲以外的熱帶地區。
吻蚓科Rhinatrematids：最原始的蚓螈，分布於南美洲。
魚螈科Ichthyophiids：較原始的蚓螈，分布於亞洲熱帶地區，是中國僅有的蚓螈。
盲尾蚓科Uraeoptyphlidae：分布於印度，介於進步和原始的蚓螈之間。
蠕蚓科Scolecomorphids：分布於赤道非洲的進步的蚓螈。
真蚓科Caeciliidae：進步的蚓螈，是蚓螈目種類最多，分布最廣的壹科，分布於熱帶美洲、赤道非洲、印度和印度洋島嶼中。
盲遊蚓科Typhlonectidae：唯壹的水生蚓螈，分布於南美洲。
有尾目Caudata：終生有尾的兩棲動物，幼體和成體區別不大，包括各種鯢和蠑螈，出現於侏羅紀，現在主要分布於北半球，特別是北美洲，其次是東亞和歐洲，可分為原始的隱鰓鯢亞目和進步的蠑螈亞目。
隱鰓鯢亞目Cryptobranchoidea：主要分布於東亞的原始的有尾兩棲動物。
隱鰓鯢科Cryptobrachidae：2屬3種，即北美的隱鰓鯢（美洲大鯢）和中國和日本各壹種大鯢。
小鯢科Hynobiidae：8屬30余種，包括小鯢、北鯢、山溪鯢等，主要分布於東亞，北可到北極圈，西到伊朗，我國種類特別豐富。
蠑螈亞目Salamandroidea：主要分布於北美洲的進步的有尾兩棲動物，其中部分成員是高級類型還是原始類型尚不明確。
鰻螈科Sirenidae：特產於北美洲，身體細長，沒有後肢。
兩棲鯢科Amphiumidae：特產於北美洲，生體細長似鰻，四肢很小。
洞螈科Proteidae：包括歐洲的洞螈和北美洲的泥螈，終生有外鰓的水生兩棲動物。
鈍口螈科Ambystomatidae：特產於北美洲的穴居蠑螈，其中有些種類可終生保持幼體特征，生活於水中。
陸巨螈科Dicamptonidae：特產於北美洲的穴居蠑螈，與鈍口螈比較相似。
無肺螈科Plethodontidae：有尾亞目中的最大壹科，主要分布於北美洲，少數分布於歐洲和中南美洲，也是中南美洲僅有的有尾亞目。
蠑螈科Salamandridae：分布最廣泛的有尾兩棲動物，主要分布於歐亞大陸，也見於北非和北美。
無尾目Anura：包括各種蛙和蟾蜍，幼體和成體區別甚大，僅蝌蚪有尾。出現於三疊紀，現代絕大多數兩棲動物均屬此類，世界性分布，但在拉丁美洲最豐富，其次是非洲。無尾目可分為始蛙亞目和新蛙亞目，或進壹步將始蛙亞目劃分為始蛙亞目、負子蟾亞目和鋤足蟾亞目。對於科的劃分也有壹些不同意見。
始蛙亞目Archaeobatrachia
滑蹠蟾科Leiopelmatidae：最原始的無尾目，包括新西蘭的滑蹠蟾和北美洲的尾蟾，二者有時列為單獨的科。
盤舌蟾科Discoglossidae：中國最原始的無尾目，包括鈴蟾和盤舌蟾，二者有時列為單獨的科。
負子蟾亞目Pipoidea：
負子蟾科Pipidae：原始的無尾目，包括南美洲的負子蟾和非洲的爪蟾。
異舌蟾科Rhinophrynidae：僅以墨西哥的異舌穴蟾為代表，有時被並入負子蟾科。
鋤足蟾亞目Pelobatoidea
鋤足蟾科Pelobatidae：包括鋤足蟾和角蟾，二者有時列為單獨的科，其中角蟾在我國特別豐富。
合附蟾科Pelodytidae：在歐洲和高加索地區各有壹種，有時被並入鋤足蟾科。
新蛙亞目Neobatrachia
細趾蟾科Leptodactylidae：兩棲動物的最大壹科，包括多種似蛙和蟾蜍的動物，分布於南美洲。
龜蟾科Myobatrachidae：分布於大洋洲，是細趾蟾在大洋洲對應的成員。
塞舌蛙科Sooglossidae：分布於塞舌爾群島，分類地位不定，可能與龜蟾有壹定親緣關系。
沼蟾科Heleophrynidae：分布於非洲最南部，分類地位不定，可能與龜蟾有壹定親緣關系。
雨蛙科Hylidae：兩棲動物的第二大科，分布廣泛的樹棲蛙類，多數分布於美洲，其次是大洋洲，其中大洋洲的成員有時單列為壹科。
附蛙科Centrolenidae：拉丁美洲的小型樹棲蛙類。
疣蛙科Allophrynidae：南美洲的小科。
短頭蟾科Brachycephalidae：南美洲的小科，體型微小。
達爾文蛙科Rhinodermidae：南美洲的小科。
多指節蟾科Pseudidae：南美洲的小科，即著名的不合理蛙，蝌蚪要比成蛙大很多。
箭毒蛙科Dendrobatidae：拉丁美洲的小型蛙類，以毒性強烈著稱。
蟾蜍科Bufonidae：分布廣泛的大科，但不出現於澳洲、馬達加斯加和壹些大洋島嶼。
蛙科Ranidae：分布最廣泛的兩棲動物，幾乎遍及各大洲，也出現在壹些島嶼上，最北達到北極圈，而在澳洲則只出現在最北方。
樹蛙科Rhacophoridaae：亞洲和非洲熱帶地區的樹棲蛙類，形態習性接近雨蛙，但親緣關系接近蛙科。
非洲樹蛙科Hyperoliidae：非洲及附近島嶼的樹棲和路棲蛙類。
節蛙科Arthroleptidae：非洲的蛙類，有時被並入蛙科。
姬蛙科Microhylidds：壹大科分布廣泛的小型蛙類，包括兩棲動物中最多的屬。