武大最早開辦藥學的歷史可追溯到1926年。當年12月28日，武漢國民政府決定將國立武昌大學、省立醫科大學等高校合並，並於次年2月20日正式組建國立武昌中山大學。在2月16日頒布的學校組織大綱的院系設置中，藥學系即為全校17個系之壹，隸屬於醫科。1928年組建國立武漢大學後醫科分離，師生分別轉入國立同濟大學醫學院及國立中山大學醫科。實習醫院（創建於1923年）則幾經輾轉，於1943年設為新創辦的湖北醫學院（原湖北醫科大學前身）的教學醫院，後發展成為今天的武漢大學人民醫院。
醫科分離後的國立武漢大學，壹直為實現王世傑校長開辦“文法理工農醫”六大學院的萬人大學的理想而努力著。終於在抗戰勝利後，復員珞珈山的同年（1946年）10月2日，國民政府教育部批準了武大成立醫學院，下設有解剖學、藥理學等19個學科，著名藥理學家周金黃出任首任院長（兼附屬醫院院長）。1950年，醫學院與同濟大學醫學院合並成立中南同濟醫學院（現華中科技大學同濟醫學院）。
盡管藥學學科未能得到專門的發展，但在武大歷史上對藥物的研究工作卻並未因此中斷。早在西遷樂山時期（1938年），化學系學生彭少逸（後為中國科學院院士）、塗主珍等人從中藥馬前子中提取精制成藥品，用於治療當地的流行病。在武大化學系學習制藥的還有著名漫畫家方成等。文革期間，生物學系也先後開設過新藥學（1971年-1973年）、藥學生物學（1976年）等專業。到了20世紀90年代，隨著社會對高級藥學人才的需求量不斷增加，生命科學學院於1994年成立了藥學系（側重於生物技術制藥）並於當年開始招生，湖北醫科大學藥學系（側重於理論及臨床研究）也於同年成立。