住院及特殊病種門診治療的結算程序：
定點醫療機構於每月10日前，將上月出院患者的費用結算單、住院結算單及有關資料報醫療保險經辦機構，醫療保險經辦機構審核後，作為每月預撥及年終決算的依據；
醫療保險經辦機構每月預撥上月的住院及特殊病種門診治療的統籌費用；
經認定患有特殊疾病的參保人員應到勞動保障部門指定的壹家定點醫療機構就醫購藥，發生的醫藥費用直接記帳，即時結算。
急診結算程序：參保人員因急診搶救到市內非定點的醫療機構及異地醫療機構住院治療，發生的醫療費用，先由個人或單位墊付，急診搶救終結後，憑醫院急診病歷、檢查、化驗報告單、發票、詳細的醫療收費清單等到醫療保險經辦機構按規定辦理報銷手續。
異地安置人員結算程序：
異地安置異地工作人員由其所在單位為其指定1-2所居住地定點醫療機構，並報醫療保險經辦機構備案；
異地安置異地工作人員患病在居住地定點醫療機構就診所發生的醫療費用，由本人或所在單位先行墊付，治療結束後，由所在單位持參保人員醫療證及病歷、有效費用票據、復式處方、住院費用清單等在規定日期到社會醫療保險經辦機構進行結算。
轉診轉院結算：
參保人員因定點醫療機構條件所限或因專科疾病轉往其它醫療機構診斷治療的，需填寫轉診轉院審批表。由經治醫師提出轉診轉院理由，科主任提出轉診轉院意見，醫療機構醫保辦審核，分管院長簽字，報市醫保中心審批後，方可轉院；
轉診轉院原則上先市內後市外、先省內後省外。市內轉診轉院規定在定點醫療機構間進行。市外轉診轉院須由本市三級以上定點醫療機構提出；
參保人員轉診轉院後發生的醫療費用，由個人或單位先用現金墊付，醫療終結後，由參保人或其代理人持轉診轉院審批表、病歷證書、處方及有效單據，到醫保經辦機構報銷屬於統籌基金支付範圍的住院費用 。