很多人認為內蒙古、阿拉善等地的沙漠野生肉蓯蓉才是最有效的肉蓯蓉，也不乏商家無端貶低新疆肉蓯蓉，作為肉蓯蓉養生者，很多消費者被蒙在鼓裏，但事實究竟如何呢？
2004年7月，國家藥典委員會決定將肉蓯蓉作為肉蓯蓉的來源植物收入2005年版《中國藥典》。從此，肉蓯蓉正式 "入藥"，這也為南疆地區肉蓯蓉的規模化種植和肉蓯蓉生態產業的發展奠定了基礎。因此，無論肉蓯蓉之前是否進入藥典，經過藥檢機構的檢測，都會被判定為假藥。這也是之前壹些負面消息壹直流傳至今的原因。
另外，由於肉蓯蓉是寄生草本植物，栽培困難，再加上壹千多年來人們亂采亂挖，野生肉蓯蓉數量銳減，甚至瀕臨滅絕。因此，肉蓯蓉被列入《世界自然保護聯盟瀕危物種紅色名錄》。因此，市場上的肉蓯蓉基本上都是人工種植的，根本不知道野生肉蓯蓉在哪裏，由於種植的質量參差不齊，價格也是參差不齊，相信市場規律，好貨不便宜，希望大家不要再上當受騙了。
沙漠肉蓯蓉和塊莖肉蓯蓉孰優孰劣？我們用科學研究數據來分析
漠肉蓯蓉生命力頑強，含糖量高，用開水沖泡後顏色發黑，連續沖泡多次後顏色仍為黃色，且因其油性較大，通便效果較好，補腎效果微乎其微。肉蓯蓉出渣率高，飲水味苦，因其含糖量較低，松果菊苷、肉蓯蓉酚苷含量高，已廣泛用於制藥和出口，特別是在男性保健品市場，肉蓯蓉已 "獨霸天下"。
肉蓯蓉中松果菊苷的含量約為 0.3 克/100 克。由於數量稀少，市場價格略高於肉蓯蓉。管花肉蓯蓉鮮材中松果菊苷和三七苷的含量壹般為 1.5 克-4 克/100 克，年份越高，含量越多。中華人民共和國藥典》（2015 年版）中肉蓯蓉和肉蓯蓉的有效成分含量如下。"荒漠肉蓯蓉含松果菊苷（C35H46O20）、三七皂苷（C29H36O15）不低於總量的0.30%，管花肉蓯蓉含松果菊苷（C35H46O20）、三七皂苷（C29H36O15）不低於總量的1.5%"，其含量是荒漠肉蓯蓉的5倍。
參考文獻："沙漠肉蓯蓉和管花肉蓯蓉指紋的比較研究》參考文獻：《沙漠肉蓯蓉和管花肉蓯蓉指紋的比較研究》："肉蓯蓉和管花肉蓯蓉指紋圖譜的比較研究" 此外，通過對二者指紋圖譜（註：植物指紋圖譜相當於植物身份證）的研究和比較，以及苯乙醇苷類和環醚萜類化合物的比較，結果表明管花肉蓯蓉的藥效含量高於肉蓯蓉。結果表明，肉蓯蓉的有效成分含量高於肉蓯蓉。肉蓯蓉中苯乙醇苷的含量明顯低於肉蓯蓉，肉蓯蓉的苯乙醇苷明顯高於環烯醚萜的苷類，其中苯乙醇苷主要是松果菊苷和木犀草苷這兩種主要成分。由此可見，新疆肉蓯蓉的有效成分遠高於內蒙古肉蓯蓉。