因為個體差異，沒有絕對最好最快最有效的用藥。除了常用的非處方藥，還要在醫生的指導下，充分結合個人情況，選擇最合適的藥物。
膽堿酯酶抑制藥
這是治療各型重癥肌無力的壹線藥物，不僅能改善臨床癥狀，還適用於初診患者的初期治療。此外，也可單獨使用，長期治療輕度重癥肌無力患者。
每個患者的劑量都不壹樣，需要嚴格按照醫囑服用。
這些藥物都有壹些不良反應，患者會出現惡心、腹瀉、胃腸痙攣、心動過緩、口腔和呼吸道分泌物增多等癥狀。
免疫抑制藥物
糖皮質激素:治療重癥肌無力的二線藥物，可明顯改善70%~80%患者的癥狀。但在糖皮質激素治療過程中，需要密切觀察病情變化，對於病情危重、有肌無力危象風險的患者，醫生會慎重考慮。
硫唑嘌呤:作為治療重癥肌無力的二線藥物，適用於眼肌型和全身型患者，可與糖皮質激素聯合使用。服用這類藥物要從小劑量開始，逐漸加大劑量。這類藥物起效時間較長，3~6個月才能起效，1~2年才能完全發揮治療作用。治療效果比較理想，能明顯改善70%~90%患者的癥狀。
環孢素A:該藥也可用於治療眼肌型重癥肌無力和全身型重癥肌無力患者。適用於不能耐受糖皮質激素或硫唑嘌呤不良反應，或對上述兩種藥物療效不佳的患者。該藥也可用於難以堅持服藥的重癥肌無力患者。
他克莫司:這是壹種強效免疫抑制劑，適用於不能耐受糖皮質激素，且其他藥物治療效果不佳的患者。見效快，壹般2周左右。如果沒有嚴重的不良反應，患者可以長期服用。
環磷酰胺:適用於對其他免疫藥物無反應的難治性重癥肌無力患者，胸腺瘤、重癥肌無力患者。
黴酚酸酯:該藥為二線藥物，不能與硫唑嘌呤同時使用。
免疫抑制藥物還包括抗人CD20的單克隆抗體。在使用這些藥物時，患者需要定期檢查自己的肝腎功能、血液狀況和尿常規。壹旦發現藥物不良反應對患者影響較大，就要考慮停藥或使用其他替代藥物。
靜脈註射用丙種球蛋白
主要適用於病情緊急、術前準備的重癥肌無力患者。