皮膚黏膜的不良反應
這是口服異維A酸最常見的不良反應，口服劑量越大，不良反應發生率越高。以唇炎最常見，發生率為100%，表現為口唇黏膜幹燥、皸裂、脫皮、出血，類似剝脫性皮炎，近30%～50%患者鼻腔黏膜幹燥、出血，皮膚幹燥瘙癢、眼幹燥，尤以過敏體質及幹燥癥患者明顯，戴隱形眼鏡者不宜使用或應用本品期間不宜戴隱形眼鏡。
致畸作用
動物實驗證明口服異維A酸能導致發育畸形、流產和死胎。在胎兒器官形成的早期給藥，可導致中樞神經系統和心血管系統的發育異常；孕晚期給藥可導致胎兒肢體短缺、泌尿系統缺陷。因此臨床上使用異維A酸時，應要求育齡婦女在治療前1月及治療期間要采取有效避孕措施，在治療結束半年後才能生育。
對骨骼的影響
長期應用異維A酸可引起骨肥大、肌腱韌帶鈣化、骨質疏松、骨骺閉鎖，從而影響兒童和青少年的成長。以骨肥大、肌腱韌帶鈣化最為常見，其發生率與藥物劑量和用藥時間有關。以每日每千克體重1～2mg劑量和療程4～5個月口服異維A酸治療痤瘡時，約有10%的患者可檢出骨肥大，因此應避免異維A酸與糖皮質激素、其他維A酸類藥(包括維生素A)同用。使用異維A酸療程不要太長，病情明顯好轉時用維持量或改用其他不良反應少的藥物鞏固治療，長期使用異維A酸患
者可定期作X線檢查。平時多食壹些含鈣豐富的食品如牛奶、排骨湯、海鮮等，骨質疏松患者可給予補鈣治療。
對精神活動的影響
有文獻報道從1982年異維A酸上市以來至2000年5月，美國食品與藥品管理局(FDA)已經報告有431例服用異維A酸後發生精神異常，其中37位患者自殺，110位患者出現情緒抑郁、有自殺念頭或自殺傾向而住院，284位患者情緒抑郁但未住院。口服異維A酸對精神活動的影響與藥物的使用時間相關；停藥後或進行精神治療可使癥狀減輕，再次用藥可使癥狀出現或加重。由於痤瘡是壹種損容性疾病，面部的皮疹給患者生活、學習、工作和交際帶來巨大的精神壓力，因而有學者認為痤瘡是壹種心身性疾病，也有大量的報道痤瘡本身也能引起患者不同程度的抑郁煩惱，甚至有自殺傾向和自殺行為。故口服異維A酸後引發的精神異常，只能說明與異維A酸有壹定的相關性，而無明確的因果關系。但臨床醫生應警惕使用異維A酸出現精神抑郁的可能性。對於已有明確精神抑郁的患者應避免使用該藥治療。
神經肌肉的不良反應
國外有文獻報道口服異維A酸能引起頭痛、頭暈、困倦、肌痛、血肌酸激酶(CK)升高，建議對平時有肌無力或血肌酸激酶(CK)升高的患者，應避免使用或減量使用，有肌肉癥狀的患者應避免劇烈運動。
實驗室檢查異常
口服異維A酸能引起總膽固醇和甘油三酯水平升高，高血脂癥、肥胖癥、糖尿病等患者盡可能避免使用異維A酸。