監察院的體制比較簡單，最高負責人是院長，院長下的部門，再由八師主辦。
在整部小說的結尾，監理所裏出現了三位院長:陳萍萍、範賢和嚴冰雲。
雖然院長的級別和主持人壹樣，但是他有很大的實際權力，可以代理院長的職權，而且他通常是院長的候補。擔任過公司的有三個人:五竹、範賢、燕冰雲。
檢察院有八個職能部門，基本掌握了青果的最高權力。這也是為什麽皇帝在殺了葉之後，壹直想改組檢察院，把它變成壹個他直接控制的特務機構，就是把檢察院變成壹個跟西廠壹樣的東廠。陳萍萍的智力只不過比清朝皇帝高壹大截。他完美的執行了清帝的安排，同時又偷偷摸摸的進去，讓清帝控制檢察院的宏偉計劃無法實現。
直到最後冰雲上臺，檢察院實際上成了新皇帝和範閑之間五五開的平衡格局。不管皇帝怎麽洗牌，範閑都擺脫不了，範閑也不可能像陳萍萍那樣完全控制檢察院。
監察院下設八個部門:壹:全稱是大清王朝監察院第壹分院，位於大理寺旁。它是監察院權力最大的部門，也是名義上監管京都和皇族高官的部門。北京到處都有眼線，收集皇親國戚和北京高官的信息，還負責清理北京的敵特，或者散布假情報幹擾敵國。但葉死後，為假扮老黑狗，皇親國戚、京都官員都惹不起，壹個地方的勢力遠沒有想象中的那麽大。再加上壹個地方主持的朱哥，被清帝安排在檢察院當攪糞棍。後來，陳萍萍試著把它給架空了，然後直接送盒飯。
壹個地方的大部分實際權力都被父子倆接過來了。
第二處:第二處是情報分析決策部，主要是給皇帝和軍方提供決策建議，也負責壹定的情報收集工作，但更傾向於職能機構。王啟年是二科副主任。在成為公務員之前，他是個告密者，可見這個部門有多不光彩。
三處:純技術研發部，負責各種藥物和奇妙裝備的研發，比如範賢壹直帶在身邊的毒壯陽解藥，都是在三處研發的。費傑退休前負責這個部門，清帝因為費傑太難做，壹直滲透不進去。大東山壹戰後，費傑也去續命了。後來，陳萍萍和狄青徹底翻臉，甚至想過殺了費傑，但費傑知道天氣要變了，所以提前跟著葉出海。
各處:各處與壹處功能相同，但責任範圍不同。壹個主要負責北京的情報和官方管理，除了北京以外的所有縣，甚至國外的情報都是各地負責。到處威力都很大，冰雲的ZZ手腕極高。表面上，她對清帝長公主百依百順，但實際上，她又聽從陳院長的指揮，所以處處都被整個大清官場視為狗的存在。
不用說，光看小燕的死魚眼就知道他智商有多高了。
五處:整個檢院，甚至是整個南清國武力值最高的部門，令人聞風喪膽的黑騎就是五個轄區。黑騎有絕對的碾壓實力，按規定不允許隨便進入任何州縣首府，嚇孩子嚇花是不對的。黑騎絕對忠於陳萍萍，連大清皇城都指揮不了。老板是京哥，後來成了死忠粉。
六處:他們負責暗殺清理工作，當然也會執行保護任務。六處是狄青完全玩不過的部門，主持人是影，四姑六婆的弟弟。除了陳院長壹句話，誰也說不容易。影子還在懸空寺刺殺了清皇帝(雖然是演戲)，但他敢攻擊皇帝，可見此系有多野。
六處的殺手都是武竹訓練的，或者模仿武竹的姿勢。說白了就是五珠的粉絲後援會。
七處:專業拷問部，負責從各種敵方俘虜口中提取信息。七審能活下來的人幾乎沒有，職業化程度極高。範賢在七位前輩主持的人民檢察院監獄裏見到了不起眼的牢頭。可以看出，這個部門的員工對監獄有很強的心理依賴，退休後會回到監獄繼續發光發熱。
八處:這個部門是最奇妙的存在，負責輿論監督。所有的新聞出版物都必須經過八道審核，否則不能出版。早年，葉設立該署的目的是通過揭露皇親國戚的醜聞來啟蒙民眾，起到輿論監督的作用。但後來卻變成了壹個專門為不服清帝管理的官員寫花邊八卦、制造輿論壓力的部門，脫離了初衷，充滿了腐敗。只要他肯花錢，八個地方都會給妳洗白，這和現在很多收錢的自媒體營銷號是壹樣的。範賢靠八處為自己樹立了壹個很厲害的人。
簡單來說，葉希望檢察院是制衡皇帝的議會制機構，而清帝希望檢察院是自己的鷹犬部，而則把檢察院變成了給葉報仇的工具。