醫保基金飛行檢查是指醫保行政部門針對醫保經辦機構、醫藥招標采購機構、定點醫藥機構、醫藥企業、醫保醫（藥）師、參保人員等使用醫療保障基金行為開展的不預先告知的現場監督檢查。
由於飛行檢查是在被檢查單位不知曉的情況下進行的，具有不預先告知、重點出擊、直奔現場等特點，啟動慎重，行動快，因此可以及時掌握真實情況，發現被檢查對象的實際情況。
檢查主要包括：定點醫療機構血液透析、高值醫用耗材(骨科、心內科)等領域納入醫療保障基金支付範圍的醫療服務行為和醫療費用，醫保經辦機構服務協議履行及費用審核與結算支付等情況，嚴厲打擊通過偽造醫學相關資料、虛構醫藥服務項目等方式騙取醫保基金行為。
此外，針對定點醫療機構，飛行檢查還將重點檢查基金使用內部管理情況、財務管理情況、病歷相關資料管理情況、藥品和醫用耗材購銷存管理情況，以及分解住院、掛床住院、違反診療規範、違規收費、串換項目、違規采購線下藥品、未按要求采購和使用國家組織集采中選產品等行為。
實施飛行檢查的情況
醫療保障行政部門可以啟動實施飛行檢查的情形有五種，包括：
（1）年度工作計劃安排的。
（2）舉報投訴線索反映醫療保障基金可能存在重大安全風險的。
（3）醫療保障智能監控提示醫療保障基金可能存在重大安全風險的。
（4）新聞媒體曝光，造成重大社會影響的。
（5）其他需要開展飛行檢查的情形。
對於年度工作計劃安排的飛行檢查，醫療保障行政部門采取“雙隨機、壹公開”的方式組織開展。此外，因舉報投訴、智能監控、新聞媒體曝光等涉及的可能造成重大基金安全風險或造成重大社會影響的，以及保密需要等，可直接開展檢查工作。