松果體調節我們的睡眠模式和晝夜節律，它獨特地與血腦屏障系統隔絕開來，接受的血流量比例高於身體的任何其他部位。
松果體分泌重要的褪黑激素，這種激素會影響人體的覺醒、睡眠和生物周期。它還參與人類和動物的生理發育。松果體會根據接收到的光照量調整褪黑激素的分泌，通常在睡眠時大量分泌，因此被認為是人體的重要時鐘。松果體分泌褪黑激素最旺盛的時間是晚上 11 點到第二天淩晨 2 點，淩晨後分泌量會急劇下降。冬季日照時間縮短也會導致這種激素的分泌推遲或提前，從而導致季節性情感障礙，使人情緒低落、缺乏活力。年齡也會影響松果體分泌的褪黑激素濃度，褪黑激素在出生到六歲之間達到峰值，然後隨著年齡的增長而下降。老年人的松果體可能會完全停止分泌這種激素。我們白天的體力和腦力活動需要大量的血清素，血清素是壹種負責神經傳導功能的化合物，它與褪黑激素密切相關，其分泌量與褪黑激素的分泌量成反比，血清素在夜間的濃度要低得多。松果體在代謝褪黑激素時還會產生神經化合物松香碳氫化合物。最近的研究表明，松香在睡眠中引發做夢的現象中占主導地位。專家認為，松果體與控制人體生物鐘的下丘腦相結合，可以影響衰老過程。
退化的眼睛
許多人認為它是我們生物學上的第三只眼睛，是 "靈魂的所在地"、"啟蒙的中心"。
科學家發現，松果體的結構和功能與眼睛相似，松果體可能就是退化的眼睛。因為松果體具有與眼睛相同的視網膜細胞，在壹些爬行動物中，它還含有 "桿狀細胞 "和 "桶狀細胞"。它能直接感知光線並對光線做出反應，影響人體的覺醒和睡眠模式以及季節周期。例如，在陽光明媚的日子裏，人們會感覺更好，精力更充沛，睡眠更少。反之，遇到陰雨天氣，人就會感到壓抑、憂郁，經常想睡覺。這種現象就是松果體在 "工作"。
靈魂的寶座
十七世紀法國大哲學家笛卡爾稱松果體（靈魂的寶座）為靈魂的寶座，他在1649年寫的《論靈魂的感覺》壹書中詳細論述了這個腺體，其中表明他認為肉體是有靈魂的。我們要知道，靈魂是與整個身體相聯系的，不能說它只存在於身體的某壹部分，而與其他部分沒有聯系。但是，他特別提到，身體中的松果體是唯壹的例外。我們身體中有壹個部分的功能與身體的其他組織不同，靈魂並不直接在心臟中發揮作用，也不在整個大腦中發揮作用，而是有壹個很小的腺體懸掛在大腦的中央，供大腦前後的心靈相互聯系，如果這個腺體稍有變化，心靈的狀態就會發生很大的變化，而最微小的變化也會改變心靈的狀態。而心靈的細微變化又會反過來改變腺體的功能
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