潔凈廠房對潔凈空調系統的要求特殊而嚴格。潔凈車間內禁止使用普通風機盤管或空調，避免黴變和細菌滋生，強調整個潔凈車間的濕度控制。新風量按規定確定，取最大值。無塵車間的空調管道應短、直、順，盡量減少管件數量。應采用氣流性能好、渦流面積小的管件和靜壓箱，管路系統中不應使用軟管。集中布置在ⅰ~ⅲ級潔凈廠房試驗臺上方的送風口，應使包括試驗臺在內的壹定區域處於潔凈氣流形成的主流區域。所有無塵車間應采用雙面下回風，而不是四角或四面。采用室內回風，無余壓閥向走廊回風。這個房間的回風通過這個房間的回風管循環。軟接頭材料要雙層，對防止黴菌在其表面生長有壹定作用。回風口設置有碳纖維過濾層，吸收室內回風中的異味。回風口的百葉葉片應可垂直調節，以減少橫向葉片上的灰塵堆積。如果使用多葉聯動葉片，可以保持風向，平衡各回風口的風量。與循環空氣接觸的金屬部件外表必須有保護層，避免無塵車間使用的藥物、消毒劑對金屬表面的腐蝕。
無塵車間的供水需要冷熱兩種水，供水要不間斷，水量和水壓要有保證，水質要可靠。在水質標準較高的無塵車間，除滿足飲用水標準外，宜安裝殺菌過濾器和紫外線消毒消毒器。給水管道不能直接連接任何可能造成汙染的衛生器具和設備，除非在這種連接系統中有空氣隔斷裝置或有效的防回流裝置。地漏不應設置在無塵車間，而應設置在刷房內和衛生潔具旁，且必須加密密封。檢測實驗中有大量汙垢。為了防止排水管堵塞，可以通過適當加大無塵車間排水管的直徑來減少日常維護。
由於工程施工中空調凈化系統的施工和圍護結構的施工往往不是壹個單位承擔，給工程質量造成隱患，強調潔凈廠房的建設必須以空調凈化為重點，統壹指揮施工。為保證質量，潔凈部(室)所在建築物驗收後，應單獨驗收。無論承包商是否有完整的調試報告，都不能代替綜合性能的綜合評價。由於無塵車間是壹個多功能的集成整體，空氣潔凈度或細菌濃度這壹單壹指標不能反映可投入使用的無塵車間的整體性能；因為竣工驗收主要考察施工質量，綜合性能評價主要考察設計質量，兩者不能相互替代，只有在竣工驗收後才能進行綜合評價。