基本醫療保險藥品目錄由甲類藥品目錄和乙類藥品目錄兩部分組成。
甲類（A類）非處方藥、乙類（B類）非處方藥，A類要就是可以全額按比例報銷的，用於普遍治療的藥品。B類藥是先自負10%。余額按比例報銷。C類壹般是指特效藥或者著營養藥，是全部自費的醫藥。
甲類藥品是指由國家統壹制定的、臨床治療必需，使用廣泛，療效好，同類藥物中價格低的藥物，使用這類藥物所發生的費用納入基本醫療保險基金給付範圍，按基本醫療保險辦法的規定支付費用。
乙類藥品是可供臨床治療選擇使用、療效好、同類藥品中比甲類藥品價格較高的藥品。
甲類藥品100%按照報銷比例報銷。
例：某統籌地區壹職工發生住院醫療費20000元，其中藥品費用7000元，分別是甲類藥品5000元，乙類藥品1000元，非《藥品目錄》內的藥品費用1000元。則該職工住院醫療費用支付辦法如下：
（1）非《藥品目錄》內的藥品費用1000元，由該職工全部自付；
（2）乙類藥品費用1000元，由該職工首先自付20%（舉例，實際還要看當地的標準），即200元；
（3）甲類藥品費用5000元和乙類藥品費用的80%（即800元），***5800元與其他應納
入統籌基金支付範圍的醫療費用壹起，按基本醫療保險的住院費用報銷規定予以支付。
甲類和乙類的區別
甲類的otc標識為紅色標記，乙類的otc標識為綠色標識，甲類乙類藥品都是醫保範圍內的。
非處方藥管理辦法中甲類必須在藥店銷售，乙類除可在藥店銷售外，還可在普通商業企業等地方銷售，但必須經過當地地市級以上藥品監督管理部門審查、批準、登記，符合條件的頒發乙類非處方藥準銷標誌。而醫保目錄是根據國家基本藥物目錄篩選的,甲乙類是按照療效價格比確定的,也就是說療效確切且費用低廉的均被列入甲類,不需自付.而乙類基本有自付比例,具體由各地方定;還有各地勞動和社會保障局對醫保乙類品種有調整權利,調入和調出總量控制在品種數量的15%以內,而各地均無權對醫保甲類品種做調整.
門診使用時，都可以用卡上的醫保個人賬戶支付。
住院使用時，乙類藥品與其他乙類費用，參保人結算時，乙類先自負10%後，和甲類費用壹起算基本醫療費用，超過醫院門檻費的部分壹起享受統籌支付比例（城鎮職工醫療保險百分之八十幾，城鎮居民醫療保險百分之四五十）。
簡單地說，乙類費用在住院時，自己出錢多壹些。醫保住院報銷——自費除開，乙類費用先自付10%後，超過門檻費的部分，就可以“報銷”百分之八十幾了（職保）。不是妳墊付現金以後憑票據報銷，而是在醫療保險定點醫院住院時，出具醫保卡，讓統壹的醫保結算系統讀取參保人資料，辦理住院號，在出院結算時，醫保系統就不收取妳“該報銷的”部分——統籌支付部分。
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