深圳少兒醫保住院報銷比例如下：
壹、門診醫療費用：屬於基本醫療保險藥品目錄中甲類藥品和乙類藥品的，分別由社區門診統籌基金按80%和60%的比例支付；
屬於基本醫療保險目錄內單項診療項目或醫用材料的，由社區門診統籌基金支付90%，但最高支付金額不超過120元。
社區門診統籌基金在壹個醫療保險年度內支付給每位基本醫療保險二檔參保人的門診醫療費用，總額最高不得超過1000元。
二、大病門診費用：參保少兒可享受大病門診待遇，最高報銷比例達到90%。
門診大病待遇享受比例與參保人連續參保年限掛鉤，連續參保時間未滿12個月、滿12個月未滿36個月、滿36個月，醫療保險基金支付比例分別為60%、75%、90%。
三、住院醫療費用。
1、起付線：參保人住院發生的基本醫療費用和地方補充醫療費用，未超過起付線的由參保人支付；超過起付線的部分，分別由基本醫療保險大病統籌基金和地方補充醫療保險基金按規定支付。
起付線按照醫院級別設定：市內壹級以下醫院為100元，二級醫院為200元，三級醫院為300元；
市外醫療機構已按規定辦理轉診或備案的為400元，未按規定辦理轉診或備案的為1000元。參保人轉診到不同醫院住院治療的，分別計算起付線。
2、支付比例：基本醫療保險二檔參保人未在本市按月領取職工養老保險待遇的，支付比例為90%；
基本醫療保險基金支付的基本醫療費用超過其支付限額的部分，由地方補充醫療保險基金在其支付限額內支付；
參保人在本市定點醫療機構住院發生的基本醫療費用和地方補充醫療費用超出地方補充醫療保險基金支付限額的部分，由地方補充醫療保險基金支付50%。
法律依據
《社會保險法》第二十三條，職工應當參加職工基本醫療保險，由用人單位和職工按照國家規定***同繳納基本醫療保險費。無雇工的個體工商戶、未在用人單位參加職工基本醫療保險的非全日制從業人員以及其他靈活就業人員可以參加職工基本醫療保險，由個人按照國家規定繳納基本醫療保險費。