菠蘿病發生後，甘蔗會呈現菠蘿般的香味，切口發紅，後期幼苗變黑。這種病對甘蔗種子的萌發有害，幼苗生長弱，會導致甘蔗死亡。種植甘蔗時，用塑料薄膜覆蓋，防止病蟲害入侵。同時，種子可以用3%的石灰水浸泡。切好的根塊需要用多菌靈和甘蔗稈消毒。黑穗病發生後，甘蔗莖尖上長出壹條黑鞭，主要是高溫高濕環境造成的，影響甘蔗的正常發育。種植甘蔗時，用0.5%甲氧乙基氯化汞浸種，在甘蔗上施磷鉀肥，進行輪作，可有效減少甘蔗病害。
黃斑病主要導致葉片萎雕，影響甘蔗對營養物質的吸收，出現不規則黃斑。隨著甘蔗的生長發育，黃斑逐漸變大，後期會出現紅色。甘蔗田積水應及時清除，做好施肥管理，選擇優質抗病品種。病後可噴灑帕拉多溶液進行防治。螟蟲長期危害甘蔗。壹旦發生病害，就會出現死苗，對甘蔗莖稈造成嚴重損害，降低甘蔗成活率。消滅蟲源，及時清除蔗田殘留的莖稈和枯葉，消滅越冬蟲源，選擇抗病性強的苗木，施足基肥，與水稻、紅薯輪作，發病後噴灑90%敵百蟲晶體500倍液噴或25%吡胺多500倍液噴進行防治。
甘蔗根部害蟲是地下害蟲，主要有針蟲、蟋蟀、金龜子、白蟻、蟋蟀等；甘蔗的葉部害蟲主要是刺吸式害蟲，包括棉蚜、黃蚜、薊馬、甘蔗飛虱、甘蔗葉蜚蠊、黃粉蟲、臭蚧、蟎類等。甘蔗莖部害蟲主要是螟蟲，包括二化螟、二化螟、三化螟、白化螟和臺灣省二化螟。這些是甘蔗的主要威脅。所有不利於甘蔗幼苗萌發的因素都是菠蘿病害的決定因素，如低溫、蔗田積水、幼苗覆蓋過厚、長期低溫幹旱、品種等原因。應註意保護害蟲的天敵，提高天敵對害蟲的抑制作用，盡可能為其生存創造有利條件，或采用人工繁殖釋放天敵，增加天敵數量，抑制害蟲的發生。