鎮(鄉)新農合經辦機構應在每月1至20日內向新農合管理中心申請復核結算。對當年2月發生的醫療費用單據，最遲應於次年10月20日前向新農合管理中心提出審核結算申請。
跨年度住院費用，包括當年2月365438日(31)之前發生的住院費用和下壹年度起發生的住院費用，分別結算。按照每年實際支付的金額進行補償。住院費用跨年度結算的，只計算壹個起付線。
(1)普通參合人員醫療費用報銷政策。對年內多次住院的，首次住院醫療費用超過起付線的，再次住院發生的費用累計計算，按規定給予補償。患者因病住院，經批準轉院連續住院的，住院醫療費用累計計算，按規定報銷，每月報告壹次。
惡性腫瘤放化療、腎透析、肝腎移植(或肝腎聯合移植)後抗排異藥物、兒童再生障礙性貧血、血友病等特殊疾病的門診費用每月申報壹次。對年內多次門診的，門診累計醫療費用超過起付線的，按規定予以報銷，具體報銷時限由各鄉鎮制定。
(二)兩類特殊群體住院醫療費用補償的政策和程序:
(1)參合農民參加其他商業醫療保險。由商業醫療保險按其標準賠付的，參合患者持商業保險拆分單和所有住院費用票據復印件到鎮(鄉)合管辦報銷。如果是先由新農合報銷，新農合會開具費用劃分單，再由商業醫保公司報銷。新型農村合作醫療和商業醫療保險的補償總額不得超過所發生的住院費用總額。
(2)參加新農合的優撫對象，由民政局按照相關政策予以報銷，參合患者向鎮(鄉)合管辦提供民政局開具的優撫對象報銷介紹信，新農合按照新農合標準由民政局報銷優撫對象報銷後的剩余金額。
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