為了控制藥品費用不合理增長，促進醫院合理用藥，根據國務院辦公廳轉發國務院體改辦等八部門《關於城鎮醫藥衛生體制改革的指導意見》(國辦發〔2000〕16號)對醫院藥品收入實行收支兩條線管理的有關精神，制定本辦法。
壹、縣及縣以上公立非營利性醫院(以下簡稱醫院)執行本辦法。
農村衛生院、民辦非營利醫院和只經銷由省級衛生、藥品監管部門審定的常用和急救用藥的社區衛生服務組織、診所以及藥品收入占醫院業務收入比例在30%以下的醫院不執行本辦法。
二、醫院要嚴格執行《醫院財務制度》、《醫院會計制度》。對醫療收支、藥品收支進行分開核算。醫院要在嚴格界定各項業務收入性質基礎上，分別將各項業務收入計入醫療收入和藥品收入科目中。醫療服務和藥品經銷的各項直接費用，要分別列入醫療支出和藥品支出。醫院的管理費用，要按制度的規定合理攤入醫療成本和藥品成本。要依據有關規定嚴格控制費用支出，嚴禁亂攤費用、擴大成本。衛生行政部門要加強對醫院成本核算管理的監督檢查。
三、醫院藥品收入扣除藥品支出後的純收入即藥品收支結余，實行收支兩條線管理。醫院藥品收支結余上交衛生行政部門，統壹繳存財政社會保障基金專戶，經考核後，統籌安排，合理返還。
四、衛生行政部門根據醫院上報的會計報表核定醫院藥品收支結余上交金額。具體核定方法，可按醫院的功能及用藥特點進行分類，分別計算平均藥品收支結余率，確定藥品收入上交比例，並據以核定各醫院的藥品收支結余上交金額；也可按各醫院實際藥品收支結余核定上交金額。
五、衛生行政部門集中的藥品收支結余資金，主要用於彌補醫院的醫療成本和發展建設，也可根據需要用於社區衛生服務和預防保健事業。在核定返還金額時，應考慮中醫醫院、民族醫院和部分專科醫院的特點，給予照顧，具體辦法由各地自定。
用於彌補醫療成本的資金總額，按不同類別醫院的醫療收入、離退休人員經費(由財政補助的)減醫療支出確定。可以根據不同類別醫院的平均醫療收支虧損率分別測算確定統壹的醫療收入返還比例，也可以根據不同類別醫院的業務工作量分別測算確定統壹的單位業務量返還定額，結合考核情況核定各醫院的返還金額。考核的主要依據是醫院會計報表和相關資料。考核的主要內容是醫院藥品收入占業務收入比重、平均門診人次費用、平均住院床日費用等。衛生行政部門要制定具體考核辦法，並按藥品收支兩條線管理範圍對醫院進行考核。
用於醫院發展建設的資金實行項目管理，要按照區域衛生規劃的要求，充分考慮區域內不同類別、級別醫院的功能、學科發展和技術進步等因素，通過立項論證等與財政專項補助統籌安排。
用於社區衛生服務和預防保健事業的資金可按不超過彌補醫療成本後的藥品收支結余的10%提取，並實行項目管理。
六、醫院藥品收支結余按季上交。用於彌補醫療成本的資金按季返還，用於醫院發展建設和社區衛生、預防保健的資金，按項目支出的實際需要，壹次或分次核撥。
上報醫院季度會計報表、核定下達上交金額、上交藥品收支結余、繳存財政專戶、返還醫院等具體工作時間由衛生行政部門商財政部門按高效、及時的原則確定。
七、衛生部門、工業及其他部門醫院以及軍隊、武警醫院對社會開放部分的藥品收支結余按財務隸屬關系與屬地管理相結合的原則進行管理，具體管理方式由省級衛生、財政部門按照區域衛生規劃原則商有關部門確定。
衛生部、國家中醫藥管理局、教育部所屬在京醫院的藥品收支結余按財務隸屬關系管理；所屬京外醫院委托醫院所在地的衛生、財政部門管理，與當地醫院統壹考核，資金統壹管理。上交的藥品收支結余資金除按地方規定提取用於社區衛生服務和預防保健事業外，按第五條的原則全部返還上述醫院。
衛生、財政部門在安排委托管理醫院發展建設返還資金時，應征求醫院上級衛生主管部門的意見，並將考核結果和資金分配情況及時報醫院上級衛生行政主管部門備案。
八、藥品收支結余的會計處理。醫院上交藥品收支結余時，借記“結余分配—待分配結余”科目，貸記“銀行存款”科目。收到返還款時，按用途分別核算：用於彌補醫療成本，借記“銀行存款”科目，貸記“結余分配—待分配結余”科目；用於醫院發展建設，借記“銀行存款”科目，貸記“專用基金”科目。
九、醫院必須按規定的時間上交藥品收支結余，逾期不交的按違反財政紀律論處。集中的藥品收支結余資金應全部用於衛生事業，任何部門不得以任何理由截留或挪作他用，也不得抵頂和減少預算撥款。衛生、財政部門應按規定及時返還，無故拖延返還時間的，追究有關人員的責任。
十、本辦法自2000年7月1日起執行。衛生部、財政部原印發的《醫療機構“醫藥分開核算、分別管理”暫行辦法》(衛規財發〔1999〕552號)同時廢止。
本辦法由衛生部、財政部負責解釋。
附件：名詞解釋和測算參考公式
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