(1)辦公室。負責政府事務及相關事務的綜合協調；負責文電、會議、機要、檔案等工作；承擔綜合性文稿起草、政策研究、信息、宣傳、安全、保密、信訪、政務公開等工作；負責局內重大政策、重要工作和領導交辦的重要事項的督辦；承擔機關及部分直屬單位的財務、政府采購和國有資產管理工作。
(2)人事科。負責機關及直屬單位的人事和機構編制管理；調查研究全市金融系統幹部隊伍建設情況；制定並組織實施全市金融系統教育培訓計劃，指導全市金融系統幹部教育工作。
(三)綜合科(清理規範津貼補貼辦公室)。參與涉及金融的各項改革；會同有關方面制定土地、礦產等國有資源的稅收政策；負責國有土地使用權出讓收支管理；負責住房保障資金的收支管理；負責編制國有土地使用權出讓預算和住房公積金預算；負責監督住房公積金的收支；擬訂政府非稅收入管理制度和政策；承擔彩票管理的相關工作；負責跟蹤監督所聯系部門(單位)的財務管理和專項資金使用情況；承擔規範公務員津貼補貼的相關工作。
(4)預算編制局。研究提出財政政策、預算管理制度和中長期財政規劃的建議；負責全市收支預算的指導、監督和管理；預測全市財政收支，提出預算編制的總體要求和建議；承辦市級部門預算的審查、批準和調整；承擔市級部門支出標準體系建設和項目庫管理；承辦轉移支付工作，匯總全市財政預算，負責編制全市年度財政決算草案並報市人大常委會審查；承辦向市人大預算部門的有關報告和聯絡工作；負責市財政預算內行政事業單位和社會團體非貿易外匯管理。
(5)財務部。研究制定全市國庫管理制度和總預算管理核算；負責市級財政資金調度和財政資金的監督核算；負責財政預算的執行，跟蹤分析全市財政預算的執行情況；負責審查和匯總全市和市級年度財務決算和部門決算；指導和監督市級國庫現金管理的相關工作；統壹管理市級財政銀行賬戶，負責預算單位銀行賬戶的審批；研究實施國庫集中收付制度，指導縣市財政國庫管理制度改革；負責工資的財務統壹發放；負責財務審計相關工作。
(6)金融監督檢查局。制定金融監督檢查的政策和制度；監督財稅法律和政策的執行；檢查和反映財務收支管理中的重大問題，提出加強財務管理的政策建議；依法糾正和查處違反財政、財務、會計法律、法規和制度的行為；負責全市會計信息質量和註冊會計師執業質量的行政監督檢查和行政處罰；負責監督檢查市級財政專項資金和重點建設項目的使用和績效；負責審查市政府投資建設項目的評估報告；指導財政監督檢查辦公室的業務。
(7)行政、政法科。負責全市行政、政法部門的財務管理，制定行政單位財務管理制度，研究提出行政經費開支標準和定額；審核所聯系部門(單位)的年度決算；研究提出財政支持項目，跟蹤監督項目資金使用情況；承擔全市著裝管理工作。
(8)教育、藝術和科學。負責教育、科技、文化、體育、計劃生育等部門的財務管理，提出支出標準和定額建議，制定財務管理措施，並監督實施；承擔市屬國有文化企業資產和財務管理相關工作；審核所聯系部門(單位)的年度決算，研究提出財政支持項目，監督項目資金使用。
(9)經濟建設科。負責發展改革、環境保護、住房和城鄉建設、交通運輸、安全監管等部門的財務管理，研究提出相關財務政策，審核所聯系部門(單位)的年度決算；參與市本級建設投資相關政策的制定；制定基本建設財務管理制度；審查和批準市政府投資基本建設項目的財務決算；負責跟蹤聯系部門(單位)專項資金的使用情況，並進行監督管理。指導政府投資基礎設施標底和工程預算(結算)的審查工作。
⑽農業。負責農業、林業、水利等部門的財務管理，貫徹國家、省、市有關支農、惠農、強農政策；研究提出我市財政支農的相關政策建議；制定財政支農資金管理辦法；管理財政支農資金和財政扶貧資金；審核所聯系部門(單位)的年度決算；負責跟蹤聯系部門(單位)支農專項資金的使用情況，並進行監督管理。
(xi)社會保障科。負責人力資源和社會保障、民政、衛生等相關部門的財務管理；會同有關方面制定並實施有關基金(資金)的財務管理制度；監督管理市財政和社會保障、就業和醫療衛生支出；負責跟蹤聯系部門(單位)專項資金(資金)的使用情況，並進行監督管理；編制市級社會保障預決算草案；審查全市社會保險基金預決算草案。
(12)稅收管理和法律科。承辦稅收法律和政策的實施；負責地方稅源調查和退稅審核；承擔本機關相關規範性文件的合法性審核；承辦金融法制宣傳教育；承辦相關的行政復議和行政訴訟；承擔國家賠償費用的管理工作。
(13)企業部分。承擔國有資產監督管理、工業和信息化領域部門預算相關工作，負責對分管專項資金使用情況的跟蹤、質詢和監督管理；研究提出支持全市企業改革和發展的財政政策；負責制定國有資本經營預算制度，編制市級國有資本經營預算，審核匯總編制全市國有資本經營預算和決算，收繳市本級企業國有資本收益；研究提出市財政支持相關產業的政策；組織實施企業財務制度和企業財務會計報告編制辦法；參與制定企業國有資產管理的相關制度；按規定管理資產評估。
(14)財貿科。負責商業流通、糧食、物資、供銷部門的財務管理；負責相關政策性補貼、專項儲備資金和地方政策性保險補貼資金的發放和監督管理；負責公物拍賣企業資質的年檢和申報；負責跟蹤聯系部門(單位)專項資金(資金)的使用情況，並進行監督管理；承擔財政政策與貨幣政策協調的研究工作；擬訂地方金融企業財務管理制度和地方政策性保險相關政策，按規定管理地方政策性金融業務；擬訂地方擔保行業財政金融相關政策和制度並組織實施。
(十五)基層財務管理科(焦作市農村綜合改革辦公室)。負責指導鄉鎮財政對各項惠農補貼和發展農村基礎設施和公益事業的財政投入的監督管理；負責貫徹落實中央、省委、省政府和市委、市政府關於農村綜合改革的方針政策，起草農村綜合改革的規劃、方案和重大政策措施；研究解決農村稅費改革遺留的問題；研究提出完善鄉鎮財政職能、建立健全農村政權組織運行經費保障機制的建議；研究制定化解鄉村債務的措施，組織化解鄉村債務工作；負責國有農場的稅費改革；負責村級公益事業建設；負責監督檢查全市農村稅費改革轉移支付資金的落實情況；配合有關部門深化農村義務教育管理體制改革，加強涉農收費管理，提出建立減輕農民負擔長效機制的政策建議。
(十六)債權債務部分。統壹管理政府內外債和債權；編制政府債務預算和決算；監控該市的政府債務；負責外國政府貸款和贈款的全過程管理，承擔國際金融組織貸款(捐贈)的項目申請、評估、對外談判、咨詢、簽約、轉貸(捐贈)及財務管理和監督工作；承擔政府國外貸款資金的回收、償還和償還準備金的管理；對外國政府貸款項目執行機構的項目實施進行監督管理。
(17)會計部。組織實施國家會計法律、法規、規章和制度；管理全市會計從業資格；承擔全市會計專業技術資格考試的組織工作；負責代理記賬機構的行政審批和日常監督管理；指導全市會計電算化和信息化工作。
(十八)行政事業資產管理部門(市政府清產核資辦公室)。負責制定全市行政事業單位國有資產管理制度，並監督檢查執行情況；負責指導和監督全市行政事業單位公務用車配備和管理工作；負責市級行政事業單位和事業單位對外投資國有資產配置、處置、調劑、出租、出借的審批和監督管理；制定資產配置標準和相關費用標準，審核和編制資產購置預算，審批購置項目；負責市本級行政事業單位產權登記、產權界定、產權糾紛調解、資產清查等工作；指導全市行政事業單位國有資產和城鎮集體資產的監督管理；負責全市清產核資工作。
(十九)績效管理部(焦作市政府財產倉庫管理中心)。制定本市財政支出績效評價的相關政策、制度、方法、指標體系和評價標準，組織財政支出績效評價，根據評價結果提出批準和調整部門預算的意見；負責制定政府財產倉庫資產管理制度，調撥、收繳、調撥、使用、處置市級政府財產倉庫資產，管理政府財產倉庫的倉庫管理、財務管理和會計核算，收取資產處置收益，管理政府財產倉庫資產信息平臺。
(二十)焦作市農業綜合開發辦公室。擬定全市農業綜合開發的政策和項目、資金、財務管理制度；編制全市農業綜合開發中長期發展規劃；負責中低產田改造規劃和年度實施計劃；管理土地管理和工業化項目；負責農業綜合開發資金的統籌使用和管理；組織實施農業綜合開發項目，檢查項目實施情況。
(二十壹)行政事務科。負責行政許可事項的統壹受理(辦理)；負責審查受理材料，督促相關行政事項進展，協調相關部門處理許可事項審批過程中的相關問題。根據法律、法規和規章的規定，承擔以下事項的審批:1。頒發會計從業資格證書；2.罰款、沒收金融許可證、開具執行罰款的正式憑證；3.增值稅壹般退稅審批；4 .行政事業單位國有資產處置、非經營性資產轉經營性資產、產權變更登記審批；5.對設立資產評估機構的審計。
(二十二)離退休幹部工作部。負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位離退休幹部工作。