正確地吃益生菌，必須要“特定的細菌”、“保持活性”、“有足夠的細菌數量”而且“連續服用”。可以選擇的種類有：酸奶、奶酪等奶類或奶制品；泡菜、味噌、豆豉等發酵食品；益生菌飲料；益生菌補充劑。具體如下：
1、酸奶、奶酪等奶類或奶制品：大部分酸奶或酸奶制品壹般只含有保加利亞乳桿菌和嗜熱鏈球菌兩種菌，不含有活性益生菌，或是加入的益生菌被滅活。在酸奶中添加益生菌，可包括嗜酸乳桿菌、乳雙歧桿菌、幹酪乳桿菌、羅伊氏乳桿菌等菌種。
2、泡菜、味噌、豆豉等發酵食品。平時也可適當吃壹些用蔬菜、水和谷物等制成的發酵食品，如泡菜、味噌、豆豉等。以發酵型的泡菜為例，它除了含有益生菌，還有壹些有益的代謝產物，而且泡菜本身的膳食纖維和多種抗氧化劑有助於益生菌的生長繁殖。
3、益生菌飲料。常見的益生菌飲料主要是指乳酸菌飲料，分為未殺菌乳酸菌飲料和殺菌乳酸菌飲料兩種。根據國家乳酸菌飲料衛生標準（GB16321-2003）的規定，前者出廠時每毫升含有的乳酸菌數量必須≥100萬個（10的6次方）單位（cfu）。
4、益生菌補充劑。目前市場上益生菌產品的劑型種類繁多，有膠囊、片劑或固體飲料等，既有益生菌食品，也有以“藍帽子”註冊獲批的益生菌保健產品，甚至藥品。
補充益生菌應因人而異：
人體可以自己產生益生菌。吃進的食物經過腸道消化、分解和發酵也會產生大量的益生菌群。普通人對益生菌的需求量並不是很大，在正常情況下人體還能自行調整體內的菌群平衡。對於發育正常的孩子來說，完全沒有必要額外補充益生菌。
益生菌主要在兩種情況下使用：壹是長期使用抗生素不但殺死了致病菌，同時也殺死了與之同存的益生菌，所以需要補充益生菌以重新建立體內微生態屏障。二是因腹瀉造成大量的益生菌丟失，致使腸道菌群失衡。此時需要補充益生菌，重新建立腸道菌群平衡。
如果妳的飲食結構合理，能從正常飲食中攝取所需營養；而且妳的生活也很有規律，有良好的生活方式，那麽益生菌保健食品對妳來說就不是必需的。不能把益生菌保健食品當藥用，有病還需及時就醫。調節身體機能，首先應從飲食搭配入手，保證身體營養均衡。
參考資料 ?人民網 ?益生菌並非多多益善 怎樣正確補充益生菌