藥店的保健品不在基本醫療保險藥品目錄內，因此不能使用醫保余額支付。醫保卡的使用範圍壹般僅限於在定點藥店購買的藥品，這些藥品必須是按照國家標準配制，經國家藥品監督管理部門批準並取得藥品註冊證的化學藥品、生物制品、中成藥或中藥材。這些藥品還必須滿足臨床必需、安全有效、價格合理等基本條件。保健品通常不符合這些條件，因此不能使用醫保卡支付。
保健品的分類與監管：
1、保健品與藥品的區別：保健品主要用於提供人體所需的營養物質或具有特定的保健功能，不具有治療疾病的功能；而藥品是用於預防和治療疾病的物質；
2、保健品的分類：按其功能可分為營養補充劑、免疫調節劑、抗疲勞等類型、抗疲勞等類型；
3、保健品的監管：在我國，保健品的生產和銷售都受到國家食品藥品監督管理局的嚴格監管，需要取得相應的生產許可證和銷售許可證；
4、保健品的標簽要求：保健品的包裝上必須明確標註其成分、功能、適宜人群和食用方法等信息；
5、保健品廣告的監管：
6、保健品廣告的監管：
7、保健品廣告的監管：
8、保健品廣告的監管：
1.保健品廣告的規範：保健品廣告內容受法律法規限制，不得誇大功能，誤導消費者。
綜上所述，藥店裏的保健品不在基本醫療保險藥品目錄內，因此不能用醫保余額支付。
法律依據：
《中華人民共和國社會保險法》
第二十八條
符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準以及急診搶救規定的醫療費用，按照國家規定從基本醫療保險基金中支付。
第二十九條
參保人員醫療費用中應由基本醫療保險基金支付的部分，由社會保險經辦機構與醫療機構、藥品經營單位直接結算。社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地就醫醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇。