1、銷售對象不同：醫療器械批發是指向符合條件的醫療器械企業或用戶銷售醫療器械的經營行為。醫療器械零售是指直接向銷售者銷售醫療器械的行為。醫療器械批發公司的銷售對象是合格的醫療器械管理企業或使用單位，醫療器械零售公司的銷售對象是普通消費者；
2、許可範圍不同： 壹些醫療器械，如心臟起搏器、人工心臟瓣膜、血管內支架和導管等高風險醫療器械，不是由零售公司銷售的。但醫療器械批發公司可以出售所申報的醫療器械；
3、經營地址不同：醫療器械批發公司壹般而言都設在工廠企業園區，產業集聚區，寫字樓等，壹般都有店面，倉儲的地方，甚至還有物流公司，零售公司多數以店面為主；
4、經營場所不同：醫療器械批發公司要有與經營範圍和規模相適應的經營場所和倉庫，經營場所和倉庫的面積要符合經營要求，而醫療器械零售公司沒有倉庫要求。
醫療器械企業註冊流程為：
1、企業向縣政務服務中心市場監管局窗口咨詢（可自行申請或委托登記代理機構，指定代表或委托代理人提供申請材料）；
2、縣政務服務中心市場監管局窗口：辦理企業名稱預先核準登記，發放《名稱預先核準通知書》（申請方式：當場、網上申報、郵寄等）；
3、縣政務服務中心市場監管局窗口：辦理企業註冊登記，發放企業《營業執照》（申請方式：當場、網上申報、郵寄等）；
4、刻制印章：企業公章、法定代表人章、財務專用章、合同專用章。
綜上所述，不管是醫療器械批發還是醫療器械銷售都要有經營許可證，營業執照等。我們要做到合法經營。
法律依據：
《醫療器械監督管理條例》第八十壹條
有下列情形之壹的，由負責藥品監督管理的部門沒收違法所得、違法生產經營的醫療器械和用於違法生產經營的工具、設備、原材料等物品；
違法生產經營的醫療器械貨值金額不足1萬元的，並處5萬元以上15萬元以下罰款；
貨值金額1萬元以上的，並處貨值金額15倍以上30倍以下罰款。