信息管理系統的功能主要有經濟管理功能、藥品管理功能、臨床診療功能、外部接口功能、後勤供應管理功能。
1、經濟管理功能
屬於醫院信息系統中的最基本部分，主要包括:門急診掛號、門急診劃價收費、出入院管理、住院收費等。
2、藥品管理功能
協助整個醫院完成對藥品的管理，主要包括對藥庫、門診藥房、住院藥房、藥品價格等信息的管理。其中加強了基本藥物的管理。
3、臨床診療功能
主要是將整個病人診療過程作為主線，處理與病人診療有關的各種診療數據與信息。主要包括各種與診療有關的工作站，如門診醫生工作站和護士工作站等。
4、外部接口功能?
提供了醫院信息系統與新農合系統的接口，並將逐步實現與醫療保險系統、雙向診療系統、遠程醫療咨詢系統、婦幼保健系統等的接口，解決醫院與社會上相關系統的互聯問題。
5.後勤供應管理功能
衛生材料管理系統，隨著醫院規模的不斷擴大，先進設備的引進，新業務、新技術的不斷開展，越來越多的醫用消耗品走進了醫療服務系統。衛生材料關系著每個患者的治療效果和醫療安全，同時也是整個醫院成本和收入的重要組成部分，然而傳統的人工管理模式已經無法適應龐大復雜的管理需求。衛生材料管理系統則解決了這個難題，對醫用衛生材料的采購、入庫、庫存、使用全流程進行追蹤管理，為衛生材料的使用效果和效益評價提供了分析的基礎依據。
物資管理系統 ，
1.基本信息維護管理：
1)材料字典設置：分類、名稱、編碼等；提供多種字典標誌；
2)物資科目維護、字典維護、物資編碼維護、庫位維護、供貨公司信息維護；
3)領用申請：與科室內物質管理無縫聯接。各科室能查詢全院物資、衛材基本信息和本科室醫用和庫存的物資信息，確認本科室應該領取的物資、衛材數量，生成的物資申請單，並自動傳遞給物資管理部門；科室采購計劃、領用申請自動匯總；
4)入庫管理：入庫信息錄入、詳細信息錄入、入庫憑單編輯查詢打印；
5)出庫管理：出庫單錄入、出庫單編輯查詢功能；除了常的科室領用外，盤減、退庫退貨、移庫、調撥、報損、專購等也應能做相應處理；
6)自動庫存報警：可單獨設置每壹種物品庫存上下限報警數量，超過設置限額自動報警；
7)綜合查詢功能：物資在庫信息查詢、入庫信息查詢、出庫信息查詢、供應商付款情況查詢；可指定任意條件組合，應選擇任意輸出項目的靈活的綜合查詢功能。在查詢模塊中應可設置匯總、計算總和打印輸出查詢結果的功能；
設備與固定資產管理系統，
1)基本信息維護功能：設備基本信息維護：設備編碼維護、國家編碼維護、生產廠家維護、供應商維護、保管人員維護；設備管理信息維護：用名稱維護、綜合效益信息維護、折舊方法維護；
2)入出轉庫管理：主設備購增加錄入、編輯、查詢功能；附件購置錄入、編輯、查詢功能；附件耗用管理功能；出入庫轉單據打印；
3)設備卡片登記、進口設備登記、設備圖像資料管理、設備資料登記、設備報廢登記；
4)自動生成設備檔案功能：通過設備登記生成設備檔案，提供設備檔案資料的可編輯功能；
5)設備使用管理：設備維修記錄和維修費用管理、保管員變更記錄、設備價值變更、設備計量檢測記錄、設備報廢處理；